
După moartea sa, Magellan a fost succedat inițial de co-comandanti Juan Serrano și Duarte Barbosa (cu o serie de alți ofițeri conducând ulterior). Flota a părăsit Filipine (în urma unei trădări sângeroase a fostului aliat Rajah Humabon) și, în cele din urmă, și-a făcut drum spre Moluca în noiembrie 1521. Încărcați cu mirodenii, au încercat să plece spre Spania în decembrie, dar au descoperit că doar unul dintre ei rămase. două nave, Victoria, era în stare de navigație.