
În martie 1505, la vârsta de 25 de ani, Magellan s-a înrolat în flota de 22 de nave trimise să-l găzduiască pe Francisco de Almeida ca prim-vicerege al Indiei portugheze . Deși numele său nu apare în cronici, se știe că a rămas acolo opt ani, în Goa, Cochin și Quilon. A participat la mai multe bătălii, inclusiv bătălia de la Cannanore din 1506, unde a fost rănit. În 1509 a luptat în bătălia de la Diu.