Magellan a ajuns să fie renumit pentru abilitățile și tenacitatea sa de navigație. Prima circumnavigare a fost numită „cea mai mare călătorie pe mare din Epoca Descoperirilor” și chiar „cea mai importantă călătorie maritimă întreprinsă vreodată”. Aprecierea realizărilor lui Magellan poate să fi fost sporită de-a lungul timpului de eșecul expedițiilor ulterioare care au încercat să-și refacă traseul, începând cu expediția Loaísa din 1525 (care îl prezenta pe Juan Sebastián Elcano ca comandant secund). Următoarea expediție pentru a finaliza cu succes o circumnavigare, condusă de Francis Drake, nu avea să aibă loc decât în 1580, la 58 de ani după întoarcerea Victoria.
Magellan a numit Oceanul Pacific (care a fost adesea numit și Marea Magellan în onoarea sa până în secolul al XVIII-lea) și își împrumută numele strâmtorii Magellan.
Chiar dacă Magellan nu a supraviețuit călătoriei, a primit mai multă recunoaștere pentru expediție decât a primit-o Elcano, deoarece Magellan a fost cel care a început-o, Portugalia dorea să recunoască un explorator portughez, iar Spania se temea de naționalismul basc.