După căderea shogunatului Ashikaga, care avea sediul la Kyoto, controlul orașului și, prin urmare, aparent, a țării, a căzut în mâinile clanului Hosokawa (care a deținut funcția de Kyoto Kanrei – adjunctul lui Shōgun la Kyoto) pentru câteva minute. generatii.
Fiul lui Katsumoto, Hosokawa Masamoto, a deținut puterea în acest fel la sfârșitul secolului al XV-lea, dar a fost asasinat de Kōzai Motonaga și Yakushiji Nagatada în 1507. După moartea sa, clanul a fost divizat și a fost slăbit de luptele interne. Puterea pe care o mai aveau, totuși, era concentrată în și în jurul lui Kyoto. Acest lucru le-a oferit pârghia de a-și consolida puterea într-o oarecare măsură și a ajuns să fie rivali puternici cu clanul Ōuchi, atât din punct de vedere politic, cât și în ceea ce privește dominarea comerțului cuChina .