
După căderea lui Tașkent, generalul MG Chernyaev a devenit primul guvernator al noii provincii Turkestan și a început imediat să facă lobby pentru a menține orașul sub stăpânire rusă și pentru a se lansa în cuceriri ulterioare. O amenințare aparentă din partea lui Sayyid Muzaffar, emirul Buharei, ia oferit o justificare pentru acțiuni militare ulterioare. În februarie 1866, Chernayev a traversat stepa flămândă până la fortul Bokharan din Jizzakh. Găsind sarcina imposibilă, el s-a retras la Tașkent, urmat de bokharanii cărora li s-au alăturat în curând Kokandis. În acest moment, Cernayev a fost rechemat pentru insubordonare și înlocuit cu Romanovski.
Romanovsky s-a pregătit să atace Bohkara, amirul s-a mutat primul, cele două forțe s-au întâlnit pe câmpia Irjar. Buharienii s-au împrăștiat, pierzând cea mai mare parte din artilerie, provizii și comori și peste 1.000 de morți, în timp ce rușii au pierdut 12 răniți. În loc să-l urmărească, Romanovsky s-a întors spre est și l-a luat pe Khujand, închizând astfel gura Văii Fergana. Apoi s-a mutat spre vest și a lansat atacuri neautorizate asupra Ura-Tepe și Jizzakh din Bukhara. Înfrângerile au forțat Bukhara să înceapă discuțiile de pace.