
La aproximativ zece săptămâni după ce s-a întors din Hudaybiyya, Muhammad și-a îndreptat atenția spre nord spre Khaybar, o oază prosperă la aproximativ 75 de mile de Medina. Khaybar era locuit de evrei, inclusiv de membri ai tribului Banu Nadir, care fuseseră expulzați din Medina cu ani în urmă. Oaza a fost renumită pentru redutele sale fortificate și terenurile fertile, făcând-o o țintă tentantă. Știrile despre expediție, împreună cu promisiunea de pradă, au atras mulți voluntari în rândurile lui Mahomed. Pentru a menține elementul surpriză, armata musulmană a mărșăluit prin noapte, apropiindu-se de Khaybar nedetectată.
În zorii zilei, când oamenii din Khaybar au apărut pentru a-și îngriji câmpurile, au fost uimiți să vadă forțele lui Muhammad înaintând. Muhammad a proclamat: "Allahu Akbar! Khaybar este distrus. Pentru că atunci când ne apropiem de pământul unui popor, o dimineață îngrozitoare îi așteaptă pe cei avertizați". Evreii s-au retras în fortărețele lor, bazându-se pe rețeaua lor de fortărețe pentru apărare. Cu toate acestea, lipsa lor de unitate și de comandă centrală a permis forțelor lui Mahomed să cucerească cetățile una câte una.
Bătălia s-a desfășurat peste o lună, cu lupte aprige și asedii prelungite. Una dintre cele mai puternice cetăți, al-Qamus, s-a dovedit deosebit de greu de spart. Abu Bakr și Umar au condus ambii încercări de a-l captura, dar nu au reușit. A doua zi, Muhammad a declarat: „Mâine voi da steagul unui om care îl iubește pe Dumnezeu și pe Mesagerul Său și pe care Dumnezeu și Mesagerul Său îl iubesc”. Bannerul a fost înmânat lui Ali ibn Abi Talib, în ciuda bolii sale. Ali, revigorat, a condus atacul, folosindu-se de o ușă drept scut atunci când al lui a fost pierdut. L-a ucis pe campionul evreiesc, Marhab, împărțindu-și casca și craniul în două, iar victoria sa a marcat căderea lui al-Qamus.
Evreii din Khaybar, recunoscându-și înfrângerea, au căutat termeni de capitulare. Muhammad a fost de acord să-i lase să rămână în oază ca fermieri, dând jumătate din producția lor anuală musulmanilor. Acest aranjament le-a permis evreilor să-și păstreze mijloacele de existență, în timp ce consolidează controlul lui Mahomed asupra regiunii. De asemenea, musulmanii au cerut predarea tuturor bogățiilor ascunse. Kenana ibn al-Rabi, un lider evreu, a negat să cunoască vreo comoară, dar după ce o locație a fost dezvăluită, Muhammad a ordonat tortura Kenanei și execuția ulterioară. Văduva lui, Safiyya bint Huyayy, a fost luată captivă și mai târziu a devenit soția lui Mahomed după ce a acceptat islamul.
Oamenii din apropiere de Fadak, auzind de soarta lui Khaybar, au trimis emisari la Muhammad oferindu-și supunerea în condiții similare, predând jumătate din produse fără rezistență. Deoarece nu a avut loc nicio bătălie, prada lui Fadak a fost reținută exclusiv de Muhammad.
La scurt timp după bătălie, o femeie evreică pe nume Zaynab bint al-Harith a căutat să se răzbune pentru moartea familiei ei. Ea a otrăvit o bucată de miel, vizând în special porția preferată a lui Muhammad, umărul. Muhammad și-a dat seama că a fost otrăvit după ce a gustat-o, a scuipat-o, dar unul dintre însoțitorii săi a murit după ce a consumat-o. Deși Muhammad a supraviețuit, se pare că a suferit efecte persistente de la otravă pentru tot restul vieții.
Victoria de la Khaybar a marcat un punct de cotitură semnificativ. Musulmanii și-au asigurat prada abundentă, inclusiv arme, pământ și provizii, întărindu-și poziția atât militar, cât și economic. Succesul lui Muhammad i-a sporit, de asemenea, reputația în rândul triburilor de beduini, dintre care mulți i-au jurat credință după ce au fost martori ai puterii sale. În termen de optsprezece luni de la căderea lui Khaybar, Muhammad avea să folosească această nouă forță pentru a cuceri Mecca însăși.