Poporul Inca a fost un trib pastoral în zona Cusco în jurul secolului al XII-lea. Istoria orală peruană spune o poveste de origine a trei peșteri. Peștera centrală de la Tampu T'uqu (Tambo Tocco) a fost numită Qhapaq T'uqu ("nișa principală", scrisă și Capac Tocco). Celelalte peșteri au fost Maras T'uqu (Maras Tocco) și Sutiq T'uqu (Sutic Tocco). Patru frați și patru surori au ieșit din peștera din mijloc. Aceștia au fost: Ayar Manco, Ayar Cachi, Ayar Awqa (Ayar Auca) și Ayar Uchu; și Mama Ocllo, Mama Raua, Mama Huaco și Mama Qura (Mama Cora). Din peșterile laterale au ieșit oamenii care urmau să fie strămoșii tuturor clanurilor incași.

Incașii, conduși de Manco Capac (conducătorul ayllu-ului, un trib nomad), migrează în Valea Cuzco și își stabilesc capitala la Cuzco. La sosirea în valea Cusco, au învins trei triburi mici care locuiau acolo; Sahuares, Huallas și Alcahuisas, și apoi s-au stabilit într-o zonă mlaștină între două pâraie mici, care astăzi corespunde cu piața principală a orașului Cusco. Manco Capac supraveghează construcția și dezvoltarea Regatului Cusco, inițial un mic oraș-stat. Arheologul John Rowe calculează anul 1200 d.Hr. ca dată aproximativă pentru întemeierea dinastiei Incași – cu mult înainte de întemeierea imperiului.

Timp de aproximativ 200 de ani, incașii rămân stabiliți în Cusco și în zona înconjurătoare. Potrivit lui Gordon Francis McEwan, „Între 1200 și 1438 d.Hr., opt incași au domnit fără ca incașii să se extindă mult în afara inimii lor din Cusco”.

Se spune că Sinchi Roca a creat o împărțire teritorială a domeniilor sale și este considerat a fi inițiatorul primului recensământ al populației incași. De asemenea, a ordonat tuturor membrilor grupului său etnic (Inca) să-și străpungă urechile în semn de noblețe. El consolidează puterea incașilor în Cusco prin crearea unei armate compuse din soldați care aparțineau nobilimii. Sinchi Roca își îmbracă soldații în uniformă care i-a intimidat pe dușmanii săi. Cronicarul Pedro Cieza de León afirmă că Sinchi Roca a construit terase și a fost creditat cu aducerea unei cantități mari de sol pentru a îmbunătăți fertilitatea văii și pentru construirea primului canal de apă în râurile Huatanay și Tullumayo.

Lloque Yupanqui a fost fiul și succesorul lui Sinchi Roca. Deși unele cronici i-au atribuit cuceriri minore, altele spun că nu a purtat niciun războaie sau că a fost chiar ocupat cu rebeliuni. Se spune că el a înființat piața publică în Cuzco și a construit Acllahuasi. Pe vremea Imperiului Incaș, această instituție aduna tinere din tot imperiul; unele au fost date de incas ca concubine nobililor si razboinicilor iar altele erau dedicate cultului zeului Soare. Uneori erau pur și simplu servitori.

Mayta Cápac (Quechua Mayta Qhapaq Inka) a fost al patrulea Sapa Inca al Regatului Cuzco, El a fost numit reformatorul calendarului. Cronicarii îl descriu ca pe un mare războinic care a cucerit teritorii până la Lacul Titicaca, Arequipa și Potosí. În timp ce, de fapt, regatul său era încă limitat la valea Cuzco. Mayta Cápac a pus regiunile Arequipa și Moquegua sub controlul imperiului incas. Marea sa ispravă militară a fost subjugarea triburilor Alcabisas și Culunchimas.

Yupanqui a fost fiul și succesorul lui Mayta Cápac, în timp ce fratele său mai mare Cunti Mayta a devenit mare preot. În legendă, Yupanqui este un mare cuceritor; cronicarul Juan de Betanzos spune că el a fost primul Inca care a cucerit teritoriu în afara văii Cuzco – ceea ce poate fi considerat pentru a delimita importanța predecesorilor săi. El i-a subjugat pe Cuyumarca și Ancasmarca. Garcilaso de la Vega relatează că a îmbunătățit orașul Cuzco cu multe clădiri, poduri, drumuri și apeducte.

Inca Roca (Quechua Inka Roq'a, „inca marenimos”) a fost al șaselea Sapa Inca al Regatului Cusco (începând în jurul anului 1350 d.Hr.) și primul din dinastia Hanan („superioară”) Qusqu. După moartea lui Cápac Yupanqui, jumătatea hanan s-a răzvrătit împotriva hurin, l-a ucis pe Quispe Yupanqui și a dat tronul lui Inca Roca, fiul altei soții a lui Cápac Yupanqui, Cusi Chimbo. Inca Roca și-a mutat palatul în secțiunea hurin din Cuzco. În legendă, se spune că el a cucerit Chancas (printre alte popoare), precum și a înființat yachaywasi, școli pentru predarea nobililor. Mai sobru, el pare să fi îmbunătățit lucrările de irigare din Cuzco și din zonele învecinate, dar șancașii au continuat să-și deranjeze succesorii. (El creează yachaiwasis sau școli pentru nobili. Sub domnia sa stabilește legături de prietenie cu triburile din apropiere).

Yawar Waqaq sau Yawar Waqaq Inka a fost al șaptelea Sapa Inca al Regatului Cusco (începând în jurul anului 1380 d.Hr.) și al doilea din dinastia Hanan. Tatăl său a fost Inca Roca (Inka Ruq'a). Soția lui Yawar a fost Mama Chicya (sau Chu-Ya), iar fiii lor au fost Paucar Ayllu și Pahuac Hualpa Mayta. În copilărie, a fost răpit de Ayarmaca din cauza unui conflict conjugal. În cele din urmă, a scăpat cu ajutorul uneia dintre amantele răpitorului său, Chimpu Orma. Asumându-și domnia la vârsta de 19 ani, Yawar a cucerit Pillauya, Choyca, Yuco, Chillincay, Taocamarca și Cavinas. Yahuar Huaca nu este foarte sănătos și își petrece cea mai mare parte a timpului în Cusco. El îl numește pe cel de-al doilea fiu al său, Pahuac Gualpa Mayta, ca succesor al său, dar este ucis de una dintre concubinele sale care dorea ca fiul ei să fie Inca Sapa. Yahuar Huaca este, de asemenea, asasinat împreună cu ceilalți fii ai săi.

Viracocha (în ortografia hispaniză) sau Wiraqucha (Quechua, numele unui zeu) a fost al optulea Sapa Inca al Regatului Cusco (începând în jurul anului 1410) și al treilea din dinastia Hanan. El nu era fiul lui Yawar Waqaq; cu toate acestea, a fost prezentat ca atare deoarece aparținea aceleiași dinastii ca și predecesorul său: Hanan.

Pachacuti Inca Yupanqui, numit inițial Cusi Yupanqui, s-a născut în Cusco în palatul Cusicancha. El a devenit proeminent în timpul unei invazii de către Chankas, un inamic tradițional al incașilor. Spre deosebire de tatăl său, Viracocha, și de fratele său, Urco, care au fugit, Pachacuti a reunit apărătorii și a obținut o victorie legendară care i-a consolidat statutul în rândul poporului său. După o confruntare cu privire la umilirea rituală a liderilor Chanka capturați, care a dus la o tentativă de asasinat nereușită împotriva lui de către tatăl său, Pachacuti a urcat ca lider al Cusco în jurul anului 1438.

După ce a devenit Sapa Inca, Pachacuti s-a angajat într-o serie de reforme și campanii militare care au transformat Regatul Cusco în vastul Imperiu Inca , care s-a extins pe o parte semnificativă a vestului Americii de Sud. El este creditat cu conceptualizarea și posibil construirea Machu Picchu ca moșie și inițierea sărbătorii Inti Raymi, care l-a onorat pe Zeul Soare și a marcat Anul Nou andin.

Cuceririle militare ale lui Pachacuti au inclus Collao, triburile din jur și teritoriile până la coastă, valorificând punctele forte ale generalilor și ale membrilor familiei sale. Guvernarea sa a fost marcată de dezvoltări urbane și arhitecturale semnificative în Cusco, reflectând structura imperiului. El a introdus sistemul mitimaes, a forțat strămutări pentru a consolida și extinde controlul incașilor.

El l-a desemnat pe fiul său Tupac Inca Yupanqui drept co-conducător și succesor, reflectând preferința sa pentru conducere militară capabilă în guvernare. Domnia lui Pachacuti s-a încheiat cu moartea sa în 1471, lăsând o moștenire de expansiune și autoritate centralizată care a caracterizat vârful Imperiului Incaș. Contribuțiile sale la cultura, administrația și expansiunea incasă subliniază rolul său esențial în istoria Americii de Sud.

Bătălia de la Maule a fost purtată între o coaliție de oameni Mapuche din Chile și Imperiul Inca din Peru. Relatarea lui Garcilaso de la Vega descrie bătălia de trei zile, despre care se crede în general că a avut loc în timpul domniei lui Tupac Inca Yupanqui (1471-93 d.Hr.). Probabil că progresele incașilor în Chile au fost oprite de lipsa lor de a angaja resurse mai mari în lupta împotriva mapuchelor. Există argumente contradictorii între surse pentru data specifică, locația, cauzele etc. pentru această bătălie.

Tupac Inca a murit în jurul anului 1493 în Chincheros, lăsând doi fii legitimi și 90 de fii și fiice nelegitimi. El a fost succedat de Huayna Capac În sud, Huayna Capac a continuat expansiunea Imperiului Inca în actualele Chile și Argentina și a încercat să anexeze teritorii spre nord în ceea ce este acum Ecuador și sudul Columbiei. În calitate de Sapa Inca, el a construit și observatoare astronomice în Ecuador, cum ar fi Ingapirca. Wayna Qhapaq spera să stabilească o fortăreață nordică în orașul Tumebamba, Ecuador, unde locuia poporul cañari. Ruinele orașului incas Pumpu. Wayna Qhapaq obișnuia să petreacă timp relaxându-se în lacul Chinchay Cocha din apropiere, conectat la oraș printr-un râu. În Ecuador, cunoscut anterior drept Regatul Quito, Wayna Qhapaq a absorbit Confederația Quito în Imperiul Incaș după ce s-a căsătorit cu regina Quito Paccha Duchicela Shyris XVI pentru a opri un război lung prelungit. Din această căsătorie s-a născut Atawallpa (1502 EC) în Caranqui, Ecuador. Wayna Qhapaq a murit în 1524. Când Wayna s-a întors la Quito, el avusese deja febră în timp ce făcea campanie în Columbia actuală (deși unii istorici contestă acest lucru), probabil ca rezultat al introducerii unor boli europene precum rujeola sau variola.

Huayna Capac moare, posibil din cauza variolei (o epidemie stătuse prin Lumea Nouă imediat după introducerea ei de către spanioli). În mod catastrofal, Huayna Capac nu reușise să numească un moștenitor înainte de moartea sa. Lupta pentru putere care a urmat dintre cei doi fii ai săi, Huáscar și Atahualpa, duce în cele din urmă la un război civil. Huascar preia tronul sustinut de nobilimea la Cusco. Între timp, Atahualpa, care era considerat un administrator și un războinic mai capabil, este încoronat Sapa Inca în Quito. Nu se știe câți incași au fost uciși sau au murit în timpul războiului civil. Populația estimată a imperiului Inca înaintea unei epidemii (probabil a unei boli europene) și a cuceririi spaniole este estimată la între 6 și 14 milioane de oameni. Războiul civil, o epidemie și cucerirea spaniolă au dus la o scădere a populației pe parcursul mai multor decenii estimată la 20:1 sau 25:1, ceea ce înseamnă că populația a scăzut cu 95 la sută.

Bătălia de la Cajamarca mai scrisă, de asemenea, Cajamalca a fost ambuscada și capturarea conducătorului incas Atahualpa de către o mică forță spaniolă condusă de Francisco Pizarro, la 16 noiembrie 1532.Spaniolii au ucis mii de consilieri, comandanți și însoțitori neînarmați ai lui Atahualpa în marea piață. din Cajamarca și și-a făcut să fugă gazda armată din afara orașului. Capturarea lui Atahualpa a marcat etapa de deschidere a cuceririi civilizației precolumbiene din Peru.

Atahualpa le-a oferitspaniolilor suficient aur pentru a umple camera în care era închis și de două ori acea cantitate de argint. Incașii au îndeplinit această răscumpărare, dar Pizarro i-a înșelat, refuzând să-l elibereze ulterior pe Inca. În timpul închisorii lui Atahualpa, Huáscar a fost asasinat în altă parte. Spaniolii susțineau că acest lucru era la ordinele lui Atahualpa; aceasta a fost folosită ca una dintre acuzațiile împotriva lui Atahualpa, când spaniolii l-au executat în cele din urmă, în august 1533. În conformitate cu cererea sa, a fost executat prin sugrumare cu un garrot la 26 iulie 1533. Hainele și o parte din piele au fost arse, iar rămășițele sale au primit o înmormântare creștină.

În august 1536, aproximativ 50.000 de războinici au mărșăluit spre Lima sub comanda celui mai curajos general al lui Manco Inca, Quizo Yupanqui, cu ordin de a ucide fiecare spaniol din nou-fondată capitală. Asediul a eșuat și Quizo, generalul Inca a murit, iar armata Inca s-a retras. Francisco Pizzarro va monta un relief al Asediului Cuzco.

Bătălia de la Ollantaytambo a avut loc în ianuarie 1537, între forțele împăratului incas Manco Inca și o expediție spaniolă condusă de Hernando Pizarro în timpul cuceririi spaniole a Peru. Pentru a pune capăt conflictului, cei asediați au organizat un raid împotriva cartierului general al împăratului din orașul Ollantaytambo. Expediția, comandată de Hernando Pizarro, a inclus 100 de spanioli și aproximativ 30.000 de auxiliari indieni împotriva unei armate Inca de peste 30.000 de oameni.

După căderea Imperiului Inca, multe aspecte ale culturii Inca au fost distruse sistematic, inclusiv sistemul lor de agricultură sofisticat, cunoscut sub numele de modelul arhipelagului vertical al agriculturii. Oficialii coloniali spanioli au folosit sistemul de muncă Inca mita corvée în scopuri coloniale, uneori cu brutalitate. Un membru al fiecărei familii a fost forțat să lucreze în minele de aur și argint, cea mai importantă dintre acestea fiind mina titanică de argint de la Potosí. Când un membru al familiei moare, ceea ce se întâmpla de obicei într-un an sau doi, familia trebuia să trimită un înlocuitor.

Efectele variolei asupra imperiului incas au fost și mai devastatoare. Începând din Columbia, variola s-a răspândit rapid înainte ca invadatorii spanioli să sosească pentru prima dată în imperiu. Răspândirea a fost probabil ajutată de sistemul eficient de drumuri incas. Variola a fost doar prima epidemie. Alte boli, inclusiv un focar probabil de tifos în 1546, gripa și variola împreună în 1558, variola din nou în 1589, difteria în 1614 și rujeola în 1618, toate au făcut ravagii pe poporul incas.

Ar exista încercări periodice ale liderilor indigeni de a expulza coloniștii spanioli și de a recrea Imperiul Incaș până la sfârșitul secolului al XVIII-lea.