
În secolul al XVI-lea, Reforma protestantă a câștigat rapid teren în nordul Europei, în special în formele sale luterană și calvină. Protestanții olandezi, după represiunea inițială, au fost tolerați de autoritățile locale. Până în anii 1560, comunitatea protestantă a devenit o influență semnificativă în Țările de Jos, deși atunci forma în mod clar o minoritate. Într-o societate dependentă de comerț, libertatea și toleranța erau considerate esențiale. Cu toate acestea, conducătorii catolici Carol al V-lea, și mai târziu Filip al II-lea, și-au pus misiunea de a învinge protestantismul, care era considerat o erezie de către Biserica Catolică și o amenințare la adresa stabilității întregului sistem politic ierarhic. Pe de altă parte, protestanții olandezi intens moraliști au insistat că teologia lor biblică, evlavia sinceră și stilul de viață umil sunt moral superioare obiceiurilor luxoase și religiozității superficiale ale nobilimii ecleziastice. Măsurile punitive dure ale conducătorilor au dus la creșterea nemulțumirilor în Țările de Jos, unde guvernele locale au început un curs de coexistență pașnică. În a doua jumătate a secolului, situația a escaladat. Filip a trimis trupe pentru a zdrobi rebeliunea și a face din Olanda din nou o regiune catolică.
În primul val al Reformei, luteranismul a cucerit elitele din Anvers și din Sud. Spaniolii l-au suprimat acolo, iar luteranismul a înflorit doar în estul Frisiei. Al doilea val al Reformei, a venit sub forma anabaptismului, care a fost popular printre fermierii obișnuiți din Olanda și Friesland. Anabaptiștii erau social foarte radicali și egalitarieni; credeau că apocalipsa este foarte aproape. Au refuzat să trăiască în vechiul mod și au început noi comunități, creând un haos considerabil. Un anabaptist olandez proeminent a fost Menno Simons, care a inițiat biserica menonită. Mișcarea a fost permisă în nord, dar nu a crescut niciodată la scară largă. Al treilea val al Reformei, care s-a dovedit în cele din urmă a fi permanent, a fost Calvinismul. A ajuns în Olanda în anii 1540, atrăgând atât elita, cât și populația comună, în special în Flandra. Spaniolii catolici au răspuns cu persecuții aspre și au introdus Inchiziția din Țările de Jos. Calviniștii s-au răzvrătit. Mai întâi a fost iconoclasmul din 1566, care a fost distrugerea sistematică a statuilor sfinților și a altor reprezentări devoționale catolice din biserici. În 1566, William cel Tăcut, un calvinist, a început Războiul de 80 de ani pentru a-i elibera pe toți olandezii de orice religie dinSpania catolică . Blum spune: „Răbdarea, toleranța, determinarea, preocuparea lui pentru poporul său și credința în guvernare prin consimțământ i-au ținut pe olandezi împreună și le-au păstrat viu spiritul de revoltă”. Provinciile Olanda și Zeeland, fiind în principal calviniste până în 1572, s-au supus domniei lui William. Celelalte state au rămas aproape în întregime catolice.