Perioada de dupăRăzboiul de 30 de ani este adesea denumită „Epoca Întunecată” în istoria Cehă, care durează de la mijlocul secolului al XVII-lea până la sfârșitul secolului al XVIII-lea. Această epocă a fost marcată de consolidarea puterii de către Habsburgi și de eradicarea sistematică a protestantismului, în special a husitismului, care prosperase în regiune înainte de război. Habsburgii au impus măsuri stricte de Contrareformă , promovând ortodoxia catolică în timp ce reprimă disidența și limitând drepturile nobilimii cehe în mare parte protestante.
În 1663, Moravia s-a confruntat cu o invazie de către turci și tătari otomani , care a dus la capturarea a aproximativ 12.000 de indivizi ca sclavi. Armata habsburgică a răspuns sub comanda lui Jean-Louis Raduit de Souches, obținând un oarecare succes împotriva otomanilor prin revendicarea teritoriilor precum Nitra și Levice. O victorie semnificativă în bătălia de la Saint Gotthard din 1664 i-a forțat pe otomani să semneze pacea de la Vasvár, care a stabilizat temporar regiunea pentru aproximativ 20 de ani.
Domnia lui Leopold I (1656–1705) a văzut acțiuni militare suplimentare împotriva otomanilor, culminând cu o campanie de succes care a readus părți din Ungaria sub controlul habsburgilor. După domnia lui Leopold, Iosif I (1705–1711) și Carol al VI-lea (1711–1740) au continuat să navigheze prin complexitățile guvernării habsburgice pe diverse teritorii.
Sub împăratul Carol al VI-lea, domeniile habsburgice s-au unificat administrativ la începutul secolului al XVIII-lea, stabilind legi succesorale ereditare care i-au permis fiicei sale Maria Tereza să moștenească tronul. Unitatea impusă de Habsburg pe ținuturile cehe a continuat însă să înstrăineze nobilimea locală și populația vorbitoare de cehă. Pentru mulți cehi, contrareforma represivă, declinul economic și pierderea unei elite native cehe au marcat această eră ca una de dificultăți și subjugare culturală, pregătind scena pentru mișcările naționaliste cehe de mai târziu.
În ciuda mediului opresiv, cultura barocă a început să înflorească în țările cehe în această perioadă, iar epoca a pus bazele viitoarelor reforme sociale și educaționale și eventuala ascensiune a mișcării naționale cehe în secolul al XIX-lea.