
În timpul celei de-a doua etape a Perioadei de Migrație (500–700 d.Hr.), noi grupuri au modelat viitorul Austriei. În jurul anului 500 d.Hr., lombarzii au apărut pentru scurt timp în regiunile de nord și de est, dar au fost împinși spre sud în Italia până în 567, când avarii au avansat în regiune, aducând cu ei vasali slavi. Avarii au stabilit dominația de la Baltică până la Balcani, dar înfrângerea lor lângă Constantinopol în 626 a stimulat revoltele slave și crearea teritoriilor slave independente.
Unul dintre cele mai semnificative grupuri slave a fost carantanienii (slavii alpini), care au migrat spre vest de-a lungul râului Drava, amestecându-se cu populația locală celto-romană. Ei au înființat Carantania, primul stat slav independent din Europa, centrat la Zollfeld (Carintia modernă). Până în secolul al VII-lea, carantanienii s-au opus controlului avarilor și s-au apărat de incursiunile francilor vecini. Cu toate acestea, în 745 d.Hr., sub presiunea atât a avarilor, cât și a francilor, Carantania a devenit vasală al Bavariei și a fost în cele din urmă absorbită în Imperiul Carolingian.
Între timp, în vest, bavarii (bavarii), un trib germanic și vasali ai francilor, au început să-și consolideze puterea. Până în 550 d.Hr., bavarezii formaseră un ducat de bază sub dinastia Agilolfing, cu centrul său la Regensburg, extinzându-și teritoriul în ceea ce este acum vestul Austriei și Tirolul de Sud. S-au amestecat cu populația retoromană, împingându-i mai departe în munți. Migrația bavareză a ajuns până în Valea Puster și s-a extins mai târziu până la râul Enns până în 610 d.Hr.
Până în anul 650 d.Hr., slavii au înaintat spre vest, dar au oprit în continuare expansiunea bavareză. A apărut o graniță de așezare între cele două grupuri, care se întinde de la Freistadt prin Linz și Salzburg până în Tirolul de Est. Avarii și slavii au ocupat regiunile de est ale Austriei și părți ale Boemiei moderne. De-a lungul timpului, coloniștii bavarezi s-au mutat în josul Dunării și în văile alpine, punând bazele viitorului Austriei ca regiune de limbă germană. Cu toate acestea, în sudul Carintiei, slavii și-au păstrat limba și identitatea până la începutul secolului al XX-lea, când asimilarea i-a redus la o populație minoritară.