
Reforma protestantă a afectat profund Austria și teritoriile mai largi habsburgice în secolul al XVI-lea. Cele 95 de teze ale lui Martin Luther din 1517 au declanșat o mișcare care a contestat autoritatea Bisericii Catolice, stabilitatea Sfântului Imperiu Roman și, în cele din urmă, controlul Habsburgilor. Ideile lui Luther s-au răspândit rapid prin ținuturile Habsburgilor de limbă germană, unde au câștigat o acțiune deosebită în regiunile din estul Austriei. În ciuda eforturilor împăratului Carol al V-lea de a suprima mișcarea, protestantismul a devenit profund înrădăcinat în multe zone ale Austriei.
În 1521, la Dieta de la Worms, Carol al V-lea l-a condamnat oficial pe Luther, marcând începutul rezistenței catolice la protestantism. Dar el a fost în curând ocupat de conflicte cu Franța și Imperiul Otoman , oprindu-și temporar eforturile împotriva protestantismului. Până când Charles a revenit asupra problemei la Dieta de la Augsburg din 1530, luteranismul prinsese rădăcini solide în Sfântul Imperiu Roman. Când Carol a respins Confesiunea protestantă din Augsburg, mulți prinți protestanți au format Liga Schmalkaldic în 1531, o alianță protestantă cu sprijinul Franței, adâncind și mai mult diviziunile religioase.
Fratele lui Carol, arhiducele Ferdinand I, care fusese numit rege al romanilor în 1531 pentru a-și asigura o succesiune catolică, s-a confruntat cu cererile protestante tot mai mari de toleranță religioasă. Amenințarea presantă a avansurilor otomane în Ungaria în 1532 l-a forțat pe Charles să obțină sprijin protestant, întârziind eforturile catolice împotriva Reformei. În ciuda unei victorii imperiale temporare asupra forțelor protestante la bătălia de la Mühlberg din 1547, pacea a fost de scurtă durată. Rezistența protestantă și franceză a dus la reînnoirea conflictului, iar în 1555, Pacea de la Augsburg a permis oficial prinților din Sfântul Imperiu Roman să aleagă între luteranism și catolicism pentru teritoriile lor.
Până atunci, protestantismul era ferm înrădăcinat în mare parte din Austria și alte provincii ereditare habsburgice, deși conducătorii habsburgici înșiși au rămas ferm catolici. În timp ce inimile austriece și Tirolul au rezistat în mare măsură influenței protestante, alte provincii precum Boemia, Ungaria și părți din estul Austriei au cunoscut o convertire luterană semnificativă. Ferdinand I, recunoscând prezența protestantă înrădăcinată, a ales să tolereze protestantismul în anumite teritorii, echilibrând angajamentul său catolic cu stabilitatea politică în domeniile sale.
Reforma și pacea ulterioară de la Augsburg au lăsat o moștenire a pluralismului religios în ținuturile habsburgice, creând scena pentru eforturile contrareformei catolice de mai târziu în Austria, pe măsură ce conducătorii căutau să întărească catolicismul în stăpâniile lor la sfârșitul secolului al XVI-lea și începutul secolului al XVII-lea.