
Após a Batalha de Monterey, os americanos dominaram o norte da Califórnia, mas o general José María Castro e o governador Pío Pico planejaram a resistência no sul, ao redor da área de Los Angeles. O Comodoro Robert F. Stockton chegou à Baía de Monterey a bordo do Congresso em 15 de julho e assumiu o comando de John D. Sloat. Stockton aceitou os revolucionários Bear Flag, sob o comando do Major John C. Frémont, como o Batalhão da Califórnia. Stockton então guarneceu Sonoma, San Juan Bautista, Santa Clara e o Forte de Sutter. O plano de Stockton para lidar com Castro era fazer com que o comandante Samuel Francis Du Pont transportasse os homens de Fremont no Cyane para San Diego para bloquear qualquer movimento para o sul, enquanto Stockton desembarcava uma força em San Pedro que se moveria por terra contra Castro. Fremont chegou a San Diego em 29 de julho e chegou a San Pedro em 6 de agosto a bordo do Congresso.
Em 13 de agosto de 1846, Stockton liderou sua coluna até a cidade, seguido pela força de Fremont meia hora depois. Em 14 de agosto, os remanescentes do exército da Califórnia se renderam. No dia 23 de setembro, vinte homens sob o comando de Cerbulo Varela trocaram tiros com os americanos na Casa do Governo, o que incendiou Los Angeles. Em 24 de setembro, 150 Californios, organizados sob o comando de José María Flores, um oficial mexicano que permaneceu na Califórnia, no antigo acampamento de Castro em La Mesa. As forças de Gillespie foram efetivamente sitiadas, enquanto Gillespie enviou Juan "Flaco" Brown ao Comodoro Stockton em busca de ajuda. Os homens de Gillespie recuaram para Fort Hill em 28 de setembro, mas sem água, renderam-se no dia seguinte. Os termos exigiam que os homens de Gillespie deixassem Los Angeles, o que fizeram em 30 de setembro de 1846, e embarcassem no navio mercante americano Vandalia. Flores rapidamente eliminou as forças americanas restantes no sul da Califórnia.