O governo de Sanmalan é um estado filipino pré-colonial centrado no que hoje é Zamboanga. Rotulado nos anais chineses como "Sanmalan" 三麻蘭. Os chineses registraram uma homenagem no ano de 1011 de seu Rajah ou Rei, Chulan, que foi representado na corte imperial por seu emissário Ali Bakti. Rajah Chulan, que podem ser como seus vizinhos hindus, os Rajahnates de Cebu e Butuan, são reinos hindus governados por Rajahs da Índia. Sanmalan sendo especificamente governado por um tâmil da dinastia Chola , já que Chulan é a pronúncia malaia local do sobrenome Chola. O governante Chulan de Sanmalan pode estar associado à conquista Cholan de Srivijaya. Esta teoria é corroborada pela linguística e pela genética, visto que Zamboanga é, segundo o antropólogo Alfred Kemp Pallasen, a pátria linguística do povo Sama-Bajau, e estudos genéticos também mostram que eles têm mistura indígena, especificamente a tribo dos Sama-Dilaut.
Quando os espanhóis chegaram, deram status de protetorado ao antigo Rajahnato de Sanmalan que estava antes deles, conquistado pelo Sultanato de Sulu. Sob o domínio espanhol, a localidade de Sanmalan recebeu imigrantes militares mexicanos e peruanos. Depois de uma rebelião contra o domínio espanhol, o estado que substituiu a Espanha e subsistiu no que antes era a localização de Sanmalan foi a efêmera República de Zamboanga.