O regresso da democracia e as reformas governamentais iniciadas em 1986 foram dificultadas pela dívida nacional, pela corrupção governamental, pelas tentativas de golpe, pelos desastres, por uma persistente insurgência comunista e por um conflito militar com os separatistas Moro. Durante a administração de Corazon Aquino, as forças dos EUA retiraram-se das Filipinas, devido à rejeição do Tratado de Extensão de Bases dos EUA, e levando à transferência oficial da Base Aérea de Clark em novembro de 1991 e da Baía de Subic para o governo em dezembro de 1992. A administração também enfrentou uma série de desastres naturais, incluindo a erupção do Monte Pinatubo em junho de 1991. Aquino foi sucedido por Fidel V. Ramos. Durante este período, o desempenho económico do país permaneceu modesto, com uma taxa de crescimento do PIB de 3,6% por cento. A estabilidade política e as melhorias económicas, como o acordo de paz com a Frente Moro de Libertação Nacional em 1996, foram ofuscadas pelo início da crise financeira asiática de 1997.
O sucessor de Ramos, Joseph Estrada, assumiu o cargo em junho de 1998 e sob sua presidência a economia se recuperou de um crescimento de -0,6% para 3,4% em 1999. O governo anunciou uma guerra contra a Frente de Libertação Islâmica Moro em março de 2000 e atacou vários campos insurgentes, incluindo sua sede. No meio do conflito contínuo com Abu Sayyaf, acusações de suposta corrupção e um processo de impeachment paralisado, Estrada foi deposto pela Revolução EDSA de 2001 e foi sucedido por sua vice-presidente, Gloria Macapagal Arroyo, em 20 de janeiro de 2001.
Na administração de 9 anos de Arroyo, a economia cresceu a uma taxa de 4-7%, com uma média de 5,33% de 2002 a 2007, necessária e não entrou em recessão durante a Grande Recessão. Seu governo foi manchado por corrupção e escândalos políticos como o escândalo Hello Garci relativo à suposta manipulação de votos nas eleições presidenciais de 2004. Em 23 de Novembro de 2009, 34 jornalistas e vários civis foram massacrados em Maguindanao.
Benigno Aquino III venceu as eleições nacionais de 2010 e serviu como o 15º presidente das Filipinas. O Acordo-Quadro sobre Bangsamoro foi assinado em 15 de outubro de 2012, como o primeiro passo para a criação de uma entidade política autônoma chamada Bangsamoro. No entanto, um confronto ocorrido em Mamasapano, Maguindanao matou 44 membros da Força de Ação Especial da Polícia Nacional das Filipinas e colocou em um impasse os esforços para transformar a Lei Básica de Bangsamoro em lei. As tensões relativas às disputas territoriais no leste de Sabah e no Mar da China Meridional aumentaram. Em 2013, foram acrescentados mais dois anos ao sistema escolar de dez anos do país para o ensino primário e secundário. Em 2014, foi assinado o Acordo Reforçado de Cooperação em Defesa, abrindo caminho para o retorno das bases das Forças Armadas dos Estados Unidos ao país.
O ex-prefeito da cidade de Davao, Rodrigo Duterte, venceu as eleições presidenciais de 2016, tornando-se o primeiro presidente de Mindanao. Em 12 de julho de 2016, o Tribunal Permanente de Arbitragem decidiu a favor das Filipinas no seu caso contra as reivindicações da China no Mar do Sul da China. Depois de ganhar a Presidência, Duterte lançou uma campanha antidrogas intensificada para cumprir a promessa de campanha de erradicar a criminalidade em seis meses. Em fevereiro de 2019, o número de mortos na Guerra às Drogas nas Filipinas era de 5.176. A implementação da Lei Orgânica de Bangsamoro levou à criação da região autônoma de Bangsamoro em Mindanao.
O ex-senador Ferdinand Marcos Jr. venceu as eleições presidenciais de 2022, 36 anos após a Revolução do Poder Popular que levou ao exílio de sua família no Havaí. Ele foi inaugurado em 30 de junho de 2022.