
A Reforma chegou à Livônia em 1521, introduzida por Andreas Knöpken, um seguidor de Martinho Lutero. Ganhou impulso em 1524, quando eclodiram motins protestantes, com igrejas católicas sendo atacadas. Em 1525, a liberdade religiosa foi declarada, marcando um ponto de viragem quando os serviços protestantes começaram a ser realizados em letão e as primeiras paróquias de língua letã foram estabelecidas. O luteranismo espalhou-se rapidamente, especialmente nos centros urbanos, e em meados do século XVI tornou-se a fé dominante em toda a região.
A Reforma teve efeitos profundos na Confederação da Livônia. Muitos membros da Ordem da Livônia e das elites urbanas converteram-se ao luteranismo, criando tensões entre a Ordem, que tradicionalmente apoiava o catolicismo, e os bispos. Este conflito interno enfraqueceu a já frágil aliança entre as facções da Confederação. A mudança religiosa corroeu a influência da Igreja Católica, minando a sua autoridade e desestabilizando ainda mais a Confederação, que já lutava contra a fragmentação política.
Na época da Guerra da Livônia (1558-1582), a Confederação estava demasiado dividida para resistir eficazmente às ameaças externas, contribuindo para o seu colapso em 1561. A propagação do luteranismo, portanto, não só transformou a vida religiosa, mas também desempenhou um papel fundamental na desintegração. da Confederação da Livónia, inaugurando uma nova era de controlo estrangeiro sobre a Letónia.