Entre 1258 e 1291, a região enfrentou turbulências como fronteira entre os invasores mongóis , ocasionalmente aliados dos cruzados , e osmamelucos doEgito . Este conflito levou a uma redução significativa da população e a dificuldades económicas. Os mamelucos eram em sua maioria de origem turca e foram comprados quando crianças e depois treinados na guerra. Eles eram guerreiros altamente valorizados, que deram aos governantes independência da aristocracia nativa. No Egito, eles assumiram o controle do reino após uma invasão fracassada dos Cruzados (Sétima Cruzada).
Os mamelucos assumiram o controle do Egito e expandiram seu domínio para a Palestina. O primeiro sultão mameluco, Qutuz, derrotou os mongóis na Batalha de Ain Jalut, mas foi assassinado por Baibars, que o sucedeu e eliminou a maioria dos postos avançados dos cruzados. Os mamelucos governaram a Palestina até 1516, considerando-a como parte da Síria. Em Hebron, os judeus enfrentaram restrições na Caverna dos Patriarcas, um local significativo no Judaísmo, uma limitação que persistiu até a Guerra dos Seis Dias. [146]
Al-Ashraf Khalil, um sultão mameluco, capturou o último reduto dos cruzados em 1291. Os mamelucos, dando continuidade às políticas aiúbidas, destruíram estrategicamente as regiões costeiras de Tiro a Gaza para evitar potenciais ataques marítimos dos cruzados. Esta devastação levou ao despovoamento a longo prazo e ao declínio económico nestas áreas. [147]
A comunidade judaica na Palestina viu o rejuvenescimento com o influxo de judeus sefarditas após a sua expulsão deEspanha em 1492 e a perseguição em Portugal em 1497. Sob o domínio mameluco e mais tarde otomano , estes judeus sefarditas estabeleceram-se predominantemente em áreas urbanas como Safed e Jerusalém, contrastando com o comunidade judaica predominantemente rural de Musta'arbi. [148]