Em 1095, o Papa Urbano II iniciou a Primeira Cruzada para recapturar Jerusalém do domínio muçulmano. [141] Esta cruzada, começando no mesmo ano, levou ao cerco bem-sucedido de Jerusalém em 1099 e à conquista de outros locais importantes como Beit She'an e Tiberíades. Os Cruzados também capturaram várias cidades costeiras com a ajuda das frotas italianas, estabelecendo fortalezas cruciais na região. [142]
A Primeira Cruzada resultou na formação de estados cruzados no Levante, sendo o Reino de Jerusalém o mais proeminente. Esses estados eram habitados principalmente por muçulmanos, cristãos, judeus e samaritanos, sendo os cruzados uma minoria que dependia da população local para a agricultura. Apesar de terem construído muitos castelos e fortalezas, os cruzados não conseguiram estabelecer assentamentos europeus permanentes. [142]
O conflito aumentou por volta de 1180, quando Reinaldo de Châtillon, governante da Transjordânia, provocou o sultão aiúbida Saladino. Isso levou à derrota dos cruzados na Batalha de Hattin em 1187, e à subsequente captura pacífica de Jerusalém e da maior parte do antigo Reino de Jerusalém por Saladino.
A Terceira Cruzada em 1190, uma resposta à perda de Jerusalém, terminou com o Tratado de Jaffa de 1192. Ricardo Coração de Leão e Saladino concordaram em permitir que os cristãos peregrinassem a locais sagrados, enquanto Jerusalém permanecia sob controle muçulmano. [143] Em 1229, durante a Sexta Cruzada, Jerusalém foi entregue pacificamente ao controle cristão por meio de um tratado entre Frederico II e o sultão aiúbida al-Kamil. [144] No entanto, em 1244, Jerusalém foi devastada pelos tártaros Khwarezmianos, que prejudicaram significativamente as populações cristã e judaica da cidade. [145] Os Khwarezmianos foram expulsos pelos Aiúbidas em 1247.