
A história antiga da Estónia abrange desde o 8º milénio a.C. até ao início do século XIII, culminando com a conquista das tribos finlandesas locais durante as Cruzadas do Norte. Os primeiros assentamentos humanos da Estónia surgiram após o último período glacial, sendo a cultura Kunda o primeiro grupo cultural significativo a deixar a sua marca. O assentamento mais antigo conhecido é Pulli, datado de cerca de 9.000 aC, localizado perto do rio Pärnu, no sudoeste da Estônia. A cultura Kunda, que leva o nome de um assentamento no norte da Estônia, utilizava ferramentas de pedra e osso, sendo a pederneira e o quartzo os materiais preferidos. Artefactos ligados à cultura Kunda foram encontrados em toda a Estónia e regiões vizinhas, mostrando uma influência cultural generalizada.
Quando o período Neolítico começou por volta do 5º milénio a.C., a cultura Narva introduziu a cerâmica, marcando uma mudança no estilo de vida. Essas primeiras peças de cerâmica eram grossas e feitas de argila misturada com diversos materiais orgânicos. As ferramentas de pedra e osso desta época mostram semelhanças com as da cultura Kunda anterior, indicando uma continuação de algumas tradições. As cerâmicas de Narva foram encontradas principalmente ao longo da costa e das ilhas da Estônia.
Em meados do 4º milênio aC, surgiu a cultura Comb Ceramic, caracterizada por cerâmica intrincada e figuras de animais feitas de osso e âmbar. Esta cultura abrangeu uma vasta região, incluindo partes da Finlândia, da Rússia e dos países bálticos. Embora inicialmente ligados à chegada dos finlandeses bálticos, estudos mais recentes sugerem que os artefactos reflectem mudanças culturais ou económicas, em vez de migrações étnicas definitivas. Alguns até propõem que as línguas urálicas, família à qual pertence o estoniano, podem ter sido faladas na região desde o final da última era glacial.
O Neolítico Superior, começando por volta de 2.200 aC, viu o surgimento da cultura Corded Ware, conhecida por sua cerâmica distinta e machados de pedra polida. Evidências de agricultura começaram a aparecer nesse período, com a descoberta de grãos carbonizados e tentativas de domesticação de javalis. As práticas funerárias desta época envolviam colocar o falecido em posição fetal, com bens funerários muitas vezes feitos de ossos de animais domesticados.