
Depois da União Soviética reocupar a Estónia em 1944, o país foi integrado à força no sistema soviético. A Estónia perdeu cerca de um quinto da sua população devido à guerra, às deportações soviéticas e aos que fugiram para o oeste para evitar o domínio soviético.
Sob as políticas estalinistas, as autoridades soviéticas levaram a cabo deportações em massa e repressão política. Só em 1949, mais de 20 mil estonianos foram deportados para a Sibéria. Movimentos de resistência como os Irmãos da Floresta lutaram contra o domínio soviético, mas no início da década de 1950 o controlo soviético foi totalmente restabelecido.
O Partido Comunista da Estónia tornou-se o principal órgão de governo e os russos étnicos foram cada vez mais contratados para preencher funções administrativas e políticas. Na década de 1950, os estonianos étnicos representavam menos da metade dos membros do Partido Comunista.
Apesar das fortes políticas de russificação, incluindo a promoção da língua russa, a identidade nacional e a cultura da Estónia permaneceram fortes. Alguns aspectos da vida melhoraram após a morte de Estaline, particularmente durante o degelo de Khrushchev , quando foi permitido um contacto limitado com o Ocidente, como através da televisão finlandesa, que trouxe informação e cultura externas para a Estónia.
Na década de 1980, quando a União Soviética entrou num período de estagnação, cresceram as preocupações com a russificação, particularmente com a promoção do russo nas escolas e na vida pública. As reformas de Mikhail Gorbachev em meados da década de 1980, incluindo a perestroika e a glasnost, encorajaram a ascensão do movimento de independência da Estónia. Em 1988, a Frente Popular da Estónia e outros grupos nacionalistas começaram a pressionar por uma maior autonomia, o que acabou por levar à independência total em 1991.