
A Reforma Protestante, iniciada por Martinho Lutero em 1517, espalhou-se rapidamente pela Estónia na década de 1520. O luteranismo se consolidou, promovendo particularmente a alfabetização entre os plebeus à medida que os serviços religiosos faziam a transição do latim para o vernáculo local da Estônia. Os primeiros livros em estoniano foram impressos durante este período. No entanto, muitos camponeses estónios, confortáveis com as práticas católicas tradicionais, demoraram a abraçar plenamente a nova fé.
Depois de 1600, sob o domínio sueco, o luteranismo tornou-se mais dominante, influenciando a arquitetura da igreja e as práticas de culto. As igrejas foram projetadas para envolver os fiéis de forma mais direta, com bancos e altares apresentando representações como a Última Ceia substituindo as imagens católicas. Este período marcou uma mudança no sentido de uma experiência religiosa mais simples e acessível para os estónios, reflectindo a influência mais ampla da Reforma.