
Durante a Grande Guerra do Norte (1700-1721), a Estónia sueca sofreu não só a devastação da guerra, mas também um grave surto de peste entre 1710 e 1713, que devastou a região. Esta epidemia surgiu na sequência de calamidades anteriores, incluindo a Grande Fome de 1695-1697, que já tinha reduzido a população da Estónia em cerca de um quinto. O impacto combinado da fome, da guerra e das doenças durante estes anos dizimou a população, com a peste sozinha a matar até 75% da população em partes da Estónia sueca e da Livónia.
A praga se espalhou por Riga, a maior cidade da Estônia sueca na época, que foi sitiada pelas forças russas comandadas por Boris Sheremetev após a Batalha de Poltava. A doença se espalhou rapidamente tanto dentro da cidade quanto para as forças de cerco russas, levando à rendição de Riga em 1710. Outras áreas, como Reval (a moderna Tallinn), capitularam sem luta devido ao impacto esmagador que a peste havia causado. a população. No final da epidemia, a população de Tallinn caiu de 20 mil para menos de 2 mil sobreviventes.
A Grande Guerra do Norte, que terminou com o Tratado de Nystad em 1721, marcou o fim do domínio sueco na Estónia. A Estônia e a Livônia foram cedidas à Rússia, com Pedro, o Grande, ganhando o controle da região. A peste, juntamente com a devastação da guerra, deixou a Estónia num estado terrível, com grande parte da sua população dizimada e as suas cidades despovoadas, preparando o cenário para mais de dois séculos de domínio russo.