
A Grande Guerra do Norte (1700-1721) marcou um ponto de viragem na história da Estónia, pois levou ao fim do domínio sueco e ao início do domínio russo sobre a Estónia. A guerra foi travada entre a Suécia e uma coligação de potências que incluía a Rússia, a Dinamarca-Noruega, a Polónia-Lituânia e a Saxónia, todas procurando conter a influência sueca na região do Báltico. A Estónia, como parte do Império Sueco, tornou-se um campo de batalha importante.
A guerra começou em 1700, quando Pedro, o Grande, da Rússia, lançou uma invasão, citando em parte a governação inadequada da Suécia durante eventos como a Grande Fome da década de 1690. Os primeiros sucessos suecos, sob Carlos XII, incluíram vitórias contra a Dinamarca e a Rússia. No entanto, depois de 1709, quando Carlos sofreu uma derrota decisiva na Batalha de Poltava, a maré virou a favor da Rússia.
A Estónia sofreu uma devastação severa durante a guerra. As forças russas capturaram Narva em 1704 e logo depois tomaram Tartu e Tallinn, já que grande parte da região foi devastada por combates e pela peste. A guerra terminou com o Tratado de Nystad em 1721, onde a Suécia cedeu formalmente a Estónia e a Livónia à Rússia. A partir de então, a Estónia tornou-se parte do Império Russo em expansão, marcando o início de mais de dois séculos de domínio russo.