
Após a derrota da Suécia para a Rússia na Grande Guerra do Norte (1700-1721), a Estônia e a Livônia foram formalmente cedidas ao controle russo pelo Tratado de Nystad em 1721. Embora o domínio russo tenha sido imposto, grande parte da estrutura social, jurídica e cultural permaneceu sob a influência da minoria alemã báltica. O alemão era a língua dominante na governança local, na educação e na Igreja Luterana, enquanto a maioria da população estoniana eram agricultores luteranos.
Durante o século XVIII, os movimentos missionários protestantes, como a Igreja Morávia , desempenharam um papel na vida religiosa, embora tenham enfrentado oposição e tenham sido banidos durante duas décadas. A Universidade de Dorpat (Tartu), fundada no século XVII, tornou-se um centro de atividade intelectual, com professores alemães liderando estudos teológicos. No entanto, os próprios estónios tinham acesso limitado a cargos mais elevados dentro da igreja ou do governo devido ao domínio dos alemães bálticos.
Em 1819, as províncias bálticas foram as primeiras do Império Russo a abolir a servidão, o que permitiu aos camponeses estonianos maior liberdade económica. Isto marcou uma mudança na estrutura social, permitindo que muitos agricultores estónios arrendassem ou comprassem terras. Além disso, muitos estónios migraram para os centros urbanos, lançando as bases para o desenvolvimento de uma identidade nacional mais forte.
Em meados do século XIX, a Estónia foi arrastada pelas correntes europeias mais amplas de despertar nacional. Os estónios começaram a expressar sentimentos culturais e nacionalistas, em parte como uma reacção ao domínio contínuo da elite alemã báltica e às políticas de russificação do final do século XIX, que foram amplamente resistidas tanto pelos nacionalistas estónios como pela comunidade multicultural da Universidade de Tartu.