
Após a fracassada Revolta da Noite de São Jorge, a Dinamarca vendeu seus territórios da Estônia, Harria e Virônia, para a Ordem Teutônica por 10.000 marcos em 1346. A Ordem Teutônica transferiu então o controle dessas áreas para seu ramo, a Ordem da Livônia, consolidando o domínio germânico sobre o região.
Sob o domínio das Ordens Teutónica e da Livónia, a Estónia tornou-se parte da Terra Mariana , governada por uma coligação da Ordem da Livónia e de autoridades eclesiásticas. A nobreza alemã, que já detinha o poder, solidificou o seu domínio, enquanto a população nativa da Estónia foi sujeita a aumento de impostos, trabalho forçado e exploração económica. A Igreja Católica manteve um controle religioso rigoroso e a construção de propriedades senhoriais expandiu-se, consolidando ainda mais o sistema feudal. Este período, caracterizado pelo rígido controle da classe dominante estrangeira, durou até o colapso da Confederação da Livônia no século XVI.