
Em 1991, Ayaz Mutallibov, então presidente da RSS do Azerbaijão, juntamente com o presidente georgiano Zviad Gamsakhurdia, apoiaram a tentativa de golpe de estado soviético. Mutallibov também propôs emendas constitucionais para permitir eleições presidenciais diretas no Azerbaijão. Posteriormente, foi eleito presidente em 8 de setembro de 1991, numa eleição que foi amplamente criticada por falta de justiça e liberdade. Após a sua eleição, o Soviete Supremo do Azerbaijão declarou independência em 18 de outubro de 1991, o que levou à dissolução do Partido Comunista, embora muitos dos seus membros, incluindo Mutallibov, tenham mantido os seus cargos. Esta declaração foi afirmada por um referendo nacional em Dezembro de 1991, e o Azerbaijão ganhou reconhecimento internacional pouco depois, com os Estados Unidos a reconhecê-lo em 25 de Dezembro.
O conflito em curso em Nagorno-Karabakh intensificou-se no início de 1992, quando a liderança arménia de Karabakh declarou uma república independente, transformando o conflito numa guerra em grande escala. A Arménia, com o apoio secreto do exército russo, ganhou uma vantagem estratégica. Durante este período, ocorreram atrocidades significativas, incluindo o massacre de Khojaly em 25 de Fevereiro de 1992, onde civis azerbaijanos foram mortos, atraindo críticas ao governo pela sua inacção. Por outro lado, as forças do Azerbaijão foram responsáveis pelo massacre de Maraga envolvendo civis arménios.
Sob pressão crescente, principalmente do Partido da Frente Popular do Azerbaijão, e enfrentando críticas por sua incapacidade de formar um exército eficaz, Mutallibov renunciou em 6 de março de 1992. No entanto, após uma investigação sobre o massacre de Khojaly, que o absolveu de responsabilidade, sua renúncia foi derrubado e reintegrado em 14 de maio. Essa reintegração durou pouco, pois Mutallibov foi deposto no dia seguinte, 15 de maio, pelas forças armadas da Frente Popular do Azerbaijão, levando à sua fuga para Moscou.
Na sequência destes acontecimentos, o Conselho Nacional foi dissolvido e substituído pela Assembleia Nacional, composta por membros da Frente Popular e ex-comunistas. Em meio a contínuos reveses militares, quando as forças armênias capturaram Lachin, Isa Gambar foi eleito presidente da Assembleia Nacional em 17 de maio e assumiu as funções de presidente enquanto se aguarda novas eleições marcadas para 17 de junho de 1992. Este período foi marcado por rápidas mudanças políticas e conflitos contínuos. na região.