
Nas eleições presidenciais do Azerbaijão de 1992, os antigos comunistas não conseguiram apresentar um candidato forte, levando à eleição de Abulfaz Elchibey, líder da Frente Popular do Azerbaijão (PFA) e antigo preso político. Elchibey venceu com mais de 60% dos votos. A sua presidência foi marcada por uma posição clara contra a adesão do Azerbaijão à Comunidade de Estados Independentes, um impulso para laços mais estreitos com a Turquia e um interesse em melhorar as relações com a população do Azerbaijão no Irão.
Entretanto, Heydar Aliyev, uma figura política significativa e antigo líder do sistema soviético, enfrentou limitações nas suas ambições presidenciais devido a uma restrição de idade. Apesar destas restrições, ele manteve uma influência significativa em Nakhchivan, um enclave do Azerbaijão que estava sob bloqueio armênio. Em resposta ao conflito em curso com a Arménia sobre Nagorno-Karabakh, o Azerbaijão cortou a maior parte das ligações terrestres da Arménia ao suspender o tráfego ferroviário, realçando a interdependência económica na região da Transcaucásia.
A presidência de Elchibey rapidamente encontrou desafios graves semelhantes aos enfrentados pelo seu antecessor, Mutallibov. O conflito de Nagorno-Karabakh favoreceu cada vez mais a Arménia, que conseguiu apoderar-se de cerca de um quinto do território do Azerbaijão e deslocar mais de um milhão de pessoas dentro do Azerbaijão. O agravamento da situação levou a uma rebelião militar em Junho de 1993, liderada por Surat Huseynov em Ganja. Com a PFA em dificuldades devido a reveses militares, uma economia vacilante e uma oposição crescente – incluindo de grupos alinhados com Aliyev – a posição de Elchibey enfraqueceu significativamente.
Na capital Baku, Heydar Aliyev aproveitou a oportunidade para tomar o poder. Depois de consolidar a sua posição, um referendo realizado em Agosto confirmou a liderança de Aliyev, removendo efectivamente Elchibey da presidência. Isto marcou uma mudança fundamental na política do Azerbaijão, uma vez que a ascensão de Aliyev representou uma continuação e uma modificação do cenário político, conduzindo o país através de tempos turbulentos marcados por conflitos e mudanças.