
Durante a segunda fase do Período de Migração (500-700 dC), novos grupos moldaram o futuro da Áustria. Por volta de 500 dC, os lombardos apareceram brevemente nas regiões norte e leste, mas foram empurrados para o sul, para a Itália, em 567, quando os ávaros avançaram para a região, trazendo consigo vassalos eslavos. Os ávaros estabeleceram o domínio do Báltico aos Bálcãs, mas a sua derrota perto de Constantinopla em 626 estimulou revoltas eslavas e a criação de territórios eslavos independentes.
Um dos grupos eslavos mais significativos foram os Carantanianos (eslavos alpinos), que migraram para o oeste ao longo do rio Drava, misturando-se com a população celto-românica local. Eles estabeleceram a Carantânia, o primeiro estado eslavo independente na Europa, centrado em Zollfeld (atual Caríntia). No século 7, os Carantanianos resistiram ao controle Avar e se defenderam das incursões francas vizinhas. No entanto, em 745 dC, sob pressão dos ávaros e dos francos, Carantânia tornou-se vassalo da Baviera e acabou sendo absorvida pelo Império Carolíngio.
Enquanto isso, no oeste, os Bavarii (bávaros), uma tribo germânica e vassalos dos francos, começaram a consolidar o poder. Por volta de 550 dC, os bávaros formaram um ducado-tronco sob a dinastia Agilolfing com centro em Regensburg, expandindo seu território para o que hoje é o oeste da Áustria e o Tirol do Sul. Eles se misturaram com a população reto-românica, empurrando-os ainda mais para as montanhas. A migração bávara alcançou o Vale Puster e mais tarde estendeu-se até o rio Enns por volta de 610 dC.
Por volta de 650 dC, os eslavos avançaram para o oeste, mas interromperam a expansão da Baviera. Surgiu uma fronteira de assentamento entre os dois grupos, estendendo-se de Freistadt, passando por Linz e Salzburgo, até o Tirol Oriental. Os ávaros e os eslavos ocuparam as regiões orientais da Áustria e partes da Boêmia moderna. Com o tempo, os colonos bávaros desceram o Danúbio e entraram nos vales alpinos, lançando as bases para o futuro da Áustria como uma região de língua alemã. No entanto, no sul da Caríntia, os eslavos mantiveram a sua língua e identidade até ao início do século XX, quando a assimilação os reduziu a uma população minoritária.