
A Reforma Protestante afetou profundamente a Áustria e os territórios mais amplos dos Habsburgos no século XVI. As 95 Teses de Martinho Lutero em 1517 desencadearam um movimento que desafiou a autoridade da Igreja Católica, a estabilidade do Sacro Império Romano e, em última análise, o controlo dos Habsburgos. As ideias de Lutero espalharam-se rapidamente pelas terras de língua alemã dos Habsburgos, onde ganharam força especial nas regiões do leste da Áustria. Apesar dos esforços do imperador Carlos V para suprimir o movimento, o protestantismo tornou-se profundamente enraizado em muitas áreas da Áustria.
Em 1521, na Dieta de Worms, Carlos V condenou formalmente Lutero, marcando o início da resistência católica ao protestantismo. Mas logo foi ocupado por conflitos com a França e o Império Otomano , paralisando temporariamente os seus esforços contra o protestantismo. Quando Carlos voltou ao assunto na Dieta de Augsburgo de 1530, o luteranismo já havia criado raízes firmes em todo o Sacro Império Romano. Quando Carlos rejeitou a Confissão Protestante de Augsburgo, muitos príncipes protestantes formaram a Liga Schmalkaldic em 1531, uma aliança protestante com o apoio da França, aprofundando ainda mais as divisões religiosas.
O irmão de Carlos, o arquiduque Fernando I, que foi nomeado rei dos romanos em 1531 para garantir uma sucessão católica, enfrentou crescentes exigências protestantes de tolerância religiosa. A ameaça urgente dos avanços otomanos na Hungria em 1532 forçou Carlos a conseguir o apoio protestante, atrasando os esforços católicos contra a Reforma. Apesar de uma vitória imperial temporária sobre as forças protestantes na Batalha de Mühlberg em 1547, a paz durou pouco. A resistência protestante e francesa levou a um conflito renovado e, em 1555, a Paz de Augsburgo permitiu formalmente que os príncipes do Sacro Império Romano escolhessem entre o luteranismo e o catolicismo para os seus territórios.
Nessa altura, o protestantismo estava firmemente enraizado em grande parte da Áustria e noutras províncias hereditárias dos Habsburgos, embora os próprios governantes dos Habsburgos permanecessem firmemente católicos. Embora o centro da Áustria e o Tirol resistissem em grande parte à influência protestante, outras províncias como a Boêmia, a Hungria e partes do leste da Áustria viram uma conversão luterana significativa. Fernando I, reconhecendo a presença protestante enraizada, optou por tolerar o protestantismo em certos territórios, equilibrando o seu compromisso católico com a estabilidade política em todos os seus domínios.
A Reforma e a subsequente Paz de Augsburgo deixaram um legado de pluralismo religioso nas terras dos Habsburgos, preparando o terreno para esforços posteriores da Contra-Reforma Católica na Áustria, à medida que os governantes procuravam reforçar o catolicismo nos seus domínios no final do século XVI e início do século XVII.