
O assentamento humano pré-histórico na Albânia começou mais tarde do que em outras regiões do Mediterrâneo, com as primeiras evidências do Homo sapiens datando do Paleolítico Superior, por volta de 40.000 aC, no Vale Kryegjata, perto de Apollonia. Os sítios paleolíticos subsequentes incluem a caverna Konispol, datada de aproximadamente 24.700 aC, e outros locais, como os locais de ferramentas de sílex perto de Xarrë e os abrigos da caverna Blaz perto de Urakë.
Na era Mesolítica, ferramentas avançadas de pedra, pederneira e chifre foram desenvolvidas, principalmente nos locais de Kryegjata, Konispol e Gajtan. Um importante local industrial mesolítico foi a mina de sílex de Goranxi, ativa por volta de 7.000 aC.
O período Neolítico viu o surgimento da agricultura inicial na Albânia, no sítio de Vashtëmi, por volta de 6.600 aC, anterior à generalizada Revolução Agrícola Neolítica na região. Este local perto do rio Devoll e do lago Maliq levou ao desenvolvimento da cultura Maliq, que incluía os assentamentos de Vashtëmi, Dunavec, Maliq e Podgorie. A influência desta cultura expandiu-se por todo o leste da Albânia no final do Neolítico Inferior, caracterizada por cerâmica, artefatos espirituais e conexões com as culturas do Adriático e do vale do Danúbio.
Durante o Neolítico Médio (5º-4º milênio aC), houve uma unificação cultural em toda a região, evidente no uso generalizado de cerâmica polida preta e cinza, objetos rituais de cerâmica e estatuetas da Mãe Terra. Essa unidade intensificou-se no Neolítico Superior com a adoção de novas tecnologias, como enxadas e rocas de fiar primitivas, e avanços no design cerâmico.
O período Calcolítico, na segunda metade do III milénio a.C., introduziu as primeiras ferramentas de cobre, aumentando a eficiência agrícola e industrial. A cerâmica deste período deu continuidade às tradições neolíticas, mas também adotou influências de outras culturas dos Balcãs. Ao mesmo tempo, esta era marcou o início das migrações indo-europeias, com os proto-indo-europeus deslocando-se das estepes da Europa Oriental para a região. Estas migrações levaram a uma mistura de culturas, contribuindo para a base etnocultural dos últimos ilírios, como evidenciado por descobertas arqueológicas e interpretações do importante arqueólogo albanês Muzafer Korkuti.