
O cristianismo se espalhou pelo Épiro Nova, parte da província romana da Macedônia, durante os séculos III e IV dC. Por esta altura, o Cristianismo tornou-se a religião dominante em Bizâncio, substituindo o politeísmo pagão e alterando os fundamentos culturais greco-romanos. O Anfiteatro Durrës, na Albânia, um monumento significativo deste período, foi usado para a pregação do Cristianismo.
Com a divisão do Império Romano em 395 dC, os territórios a leste do rio Drinus, incluindo o que hoje é a Albânia, ficaram sob a administração do Império Romano do Oriente, mas permaneceram eclesiasticamente ligados a Roma. Este arranjo persistiu até 732 d.C., quando o imperador bizantino Leão III, durante a controvérsia iconoclasta, cortou os laços eclesiásticos da região com Roma e a colocou sob o Patriarcado de Constantinopla.
O cisma de 1054, que dividiu o Cristianismo em Ortodoxia Oriental e Catolicismo Romano, fez com que o sul da Albânia mantivesse laços com Constantinopla, enquanto o norte se alinhava com Roma. Esta divisão foi ainda mais complicada pelo estabelecimento do principado eslavo de Dioclia (moderno Montenegro ) e a subsequente criação da Sé Metropolitana de Bar em 1089, tornando as dioceses do norte da Albânia, como Shkodër e Ulcinj, suas sufragâneas.
Em 1019, as dioceses albanesas que seguiam o rito bizantino foram colocadas sob a recém-independente Arquidiocese de Ohrid. Mais tarde, durante a ocupação veneziana no século XIII, foi estabelecida a Arquidiocese Latina de Durrës, marcando um período significativo de influência eclesiástica e cultural na região.