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A invasão mongol do Afeganistão em 1221, após a vitória sobre o Império Khwarazmian, resultou numa devastação profunda e duradoura em toda a região. O ataque afetou desproporcionalmente cidades e aldeias sedentárias, com comunidades nómadas melhor posicionadas para escapar ao ataque mongol. Um resultado significativo foi a deterioração dos sistemas de irrigação, fundamental para a agricultura, levando a uma mudança demográfica e económica em direcção às regiões montanhosas mais defensáveis.
Balkh, que já foi uma cidade próspera, foi destruída, permanecendo em ruínas mesmo um século depois, conforme observado pelo viajante Ibn Battuta. Durante a perseguição de Jalal ad-Din Mingburnu pelos mongóis, eles sitiaram Bamyan e, em resposta à morte do neto de Genghis Khan, Mutukan, pela flecha de um defensor, destruíram a cidade e massacraram sua população, ganhando o sombrio epíteto de "Cidade dos Gritos". ."
Herat, apesar de ter sido arrasada, passou por uma reconstrução sob a dinastia Kart local e mais tarde tornou-se parte do Ilcanato . Enquanto isso, os territórios que se estendiam de Balkh, passando por Cabul até Kandahar, caíram sob o controle do Chagatai Khanate após a fragmentação do Império Mongol. Em contraste, as áreas tribais ao sul do Hindu Kush mantiveram alianças com a dinastia Khalji do norteda Índia ou mantiveram a sua independência, ilustrando o complexo cenário político no rescaldo da invasão mongol.