O Chagatai Khanate, estabelecido por Chagatai Khan, segundo filho de Genghis Khan , era um reino mongol que mais tarde sofreu turquificação. Abrangendo desde Amu Darya até as montanhas Altai em seu apogeu, abrangia territórios outrora controlados por Qara Khitai. Inicialmente, os cãs Chagatai reconheceram a supremacia do Grande Khan, mas a autonomia aumentou com o tempo, particularmente durante o reinado de Kublai Khan, quando Ghiyas-ud-din Baraq desafiou a autoridade central mongol. O declínio do canato começou em 1363, à medida que perdeu progressivamente a Transoxiana para os timúridas , culminando no surgimento do Mogulistão, um reino reduzido que persistiu até o final do século XV. O Moghulistão eventualmente se fragmentou nos canatos Yarkent e Turpan. Em 1680, os territórios Chagatai restantes caíram nas mãos do Canato Dzungar e, em 1705, o último cã Chagatai foi deposto, marcando o fim da dinastia.