Do século XVI ao XVII dC, o Afeganistão foi uma encruzilhada de impérios, dividido entre o Canato de Bukhara, no norte, os safávidas xiitas iranianos, no oeste, e os mogóis sunitas, no norteda Índia , no leste. Akbar, o Grande, do Império Mughal incorporou Cabul como uma das doze subahs originais do império, ao lado de Lahore, Multan e Caxemira. Cabul serviu como uma província estratégica, fazendo fronteira com regiões importantes e abrangendo brevemente os subahs de Balkh e Badakhshan. Kandahar, estrategicamente localizada no sul, funcionou como uma barreira contestada entre os impérios Mughal e Safávida, com as lealdades afegãs locais mudando frequentemente entre estas duas potências.
O período viu uma influência mogol significativa na região, marcada pela exploração de Babur antes de sua conquista da Índia. Suas inscrições permanecem na montanha rochosa Chilzina, em Kandahar, destacando a marca cultural deixada pelos Mughals. O Afeganistão mantém o património arquitectónico desta época, incluindo túmulos, palácios e fortes, evidenciando os laços históricos e o intercâmbio cultural entre o Afeganistão e o Império Mughal.