
Em março de 1791, a pedido de Hamilton, com o apoio de Madison, o Congresso impôs um imposto especial sobre o consumo de bebidas espirituosas destiladas para ajudar a reduzir a dívida nacional, que entrou em vigor em julho. Os produtores de grãos protestaram fortemente nos distritos fronteiriços da Pensilvânia; argumentaram que não estavam representados e que arcavam com uma parte excessiva da dívida, comparando a sua situação com a excessiva tributação britânica antes da Guerra Revolucionária . Em 2 de agosto, Washington reuniu o seu gabinete para discutir como lidar com a situação. Ao contrário de Washington, que tinha reservas quanto ao uso da força, Hamilton esperava há muito tempo por tal situação e estava ansioso para suprimir a rebelião usando a autoridade federal e a força. Não querendo envolver o governo federal, se possível, Washington apelou aos funcionários do estado da Pensilvânia para tomarem a iniciativa, mas estes recusaram-se a tomar medidas militares. Em 7 de agosto, Washington emitiu sua primeira proclamação para a convocação de milícias estaduais. Depois de apelar à paz, lembrou aos manifestantes que, ao contrário do governo da coroa britânica, a lei federal foi emitida por representantes eleitos pelo estado.
As ameaças e a violência contra os cobradores de impostos, no entanto, transformaram-se em desafio à autoridade federal em 1794 e deram origem à Rebelião do Uísque. Washington emitiu uma proclamação final em 25 de Setembro, ameaçando sem sucesso o uso da força militar. O exército federal não estava à altura da tarefa, então Washington invocou a Lei da Milícia de 1792 para convocar milícias estaduais. Os governadores enviaram tropas, inicialmente comandadas por Washington, que deram o comando ao Light-Horse Harry Lee para liderá-los nos distritos rebeldes. Eles fizeram 150 prisioneiros e os rebeldes restantes se dispersaram sem mais combates. Dois dos prisioneiros foram condenados à morte, mas Washington exerceu pela primeira vez a sua autoridade constitucional e perdoou-os.
A acção enérgica de Washington demonstrou que o novo governo poderia proteger-se a si próprio e aos seus cobradores de impostos. Isto representou o primeiro uso da força militar federal contra os estados e cidadãos, e continua a ser a única vez que um presidente em exercício comandou tropas no terreno. Washington justificou a sua acção contra "certas sociedades autocriadas", que considerou como "organizações subversivas" que ameaçavam a união nacional. Ele não contestou o seu direito de protestar, mas insistiu que a sua dissidência não deveria violar a lei federal. O Congresso concordou e estendeu-lhe as suas felicitações; apenas Madison e Jefferson expressaram indiferença.