
Durante o outono de 1789, Washington teve de enfrentar a recusa britânica de evacuar os seus fortes na fronteira noroeste e os seus esforços concertados para incitar tribos indígenas hostis a atacar os colonos americanos. As tribos do noroeste sob o comando do chefe de Miami, Little Turtle, aliaram-se ao exército britânico para resistir à expansão americana e mataram 1.500 colonos entre 1783 e 1790.
Em 1790, Washington enviou o Brigadeiro General Josiah Harmar para pacificar as tribos do Noroeste, mas a Pequena Tartaruga o derrotou duas vezes e o forçou a se retirar. A Confederação de Tribos do Noroeste usou táticas de guerrilha e foi uma força eficaz contra o exército americano escassamente tripulado. Washington enviou o major-general Arthur St. Clair de Fort Washington em uma expedição para restaurar a paz no território em 1791. Em 4 de novembro, as forças de St. Clair foram emboscadas e derrotadas por forças tribais com poucos sobreviventes, apesar do aviso de Washington sobre ataques surpresa. Washington ficou indignado com o que considerou ser a brutalidade excessiva dos nativos americanos e a execução de cativos, incluindo mulheres e crianças.
St. Clair renunciou à sua comissão e Washington o substituiu pelo herói da Guerra Revolucionária, major-general Anthony Wayne. De 1792 a 1793, Wayne instruiu suas tropas sobre táticas de guerra dos nativos americanos e incutiu a disciplina que faltava sob St. Em agosto de 1794, Washington enviou Wayne ao território tribal com autoridade para expulsá-los queimando suas aldeias e plantações no Vale Maumee. Em 24 de agosto, o exército americano sob a liderança de Wayne derrotou a Confederação do Noroeste na Batalha de Fallen Timbers, e o Tratado de Greenville em agosto de 1795 abriu dois terços do país de Ohio para a colonização americana.