Eduardo I estava agora livre de constrangimentos no exterior e em casa, e tendo feito os preparativos para a conquista final da Escócia , ele iniciou sua invasão em meados de maio de 1303. Seu exército foi organizado em duas divisões - uma sob seu comando e outra sob o comando de Príncipe de Gales. Eduardo avançou pelo leste e seu filho entrou na Escócia pelo oeste, mas seu avanço foi detido em vários pontos por Wallace. O rei Eduardo chegou a Edimburgo em junho, depois marchou por Linlithgow e Stirling até Perth. O Comyn, com a pequena força sob seu comando, não tinha esperança de derrotar as forças de Eduardo. Eduardo permaneceu em Perth até julho, depois seguiu, via Dundee, Montrose e Brechin, para Aberdeen, chegando em agosto. De lá, ele marchou através de Moray, antes de seu progresso continuar até Badenoch, antes de refazer seu caminho de volta ao sul até Dunfermline, onde permaneceu durante o inverno.
No início de 1304, Eduardo enviou um grupo de ataque às fronteiras, o que colocou em fuga as forças comandadas por Fraser e Wallace. Com o país agora sob submissão, todos os líderes escoceses se renderam a Eduardo em fevereiro, exceto Wallace, Fraser e Soulis, que estava na França. Os termos de submissão foram negociados em 9 de fevereiro por John Comyn, que se recusou a se render incondicionalmente, mas pediu que os prisioneiros de ambos os lados fossem libertados mediante resgate e que Eduardo concordasse que não haveria represálias ou deserdação dos escoceses.
Com exceção de William Wallace e John de Soulis, parecia que todos seriam perdoados depois que alguns dos líderes mais famosos foram exilados da Escócia por vários períodos. As propriedades confiscadas poderiam ser recuperadas mediante o pagamento de multas cobradas em valores considerados apropriados à traição de cada indivíduo. As heranças continuariam como sempre, permitindo que a nobreza fundiária transmitisse títulos e propriedades normalmente.
De Soulis permaneceu no exterior, recusando-se a render-se. Wallace ainda estava foragido na Escócia e, ao contrário de todos os nobres e bispos, recusou-se a prestar homenagem a Eduardo. Eduardo precisava fazer de alguém um exemplo e, ao recusar-se a capitular e aceitar a ocupação e anexação de seu país, Wallace tornou-se o infeliz foco do ódio de Eduardo. Não lhe seria concedida paz, a menos que se submetesse total e absolutamente à vontade de Eduardo. Também foi decretado que James Stewart, de Soulis e Sir Ingram de Umfraville não poderiam retornar até que Wallace fosse entregue, e Comyn, Alexander Lindsay, David Graham e Simon Fraser buscassem ativamente sua captura.