
A Rebelião Shimabara foi uma revolta que ocorreu no Domínio Shimabara do Xogunato Tokugawa, no Japão, de 17 de dezembro de 1637 a 15 de abril de 1638.
Matsukura Katsuie, o daimyō do Domínio de Shimabara, aplicou políticas impopulares estabelecidas por seu pai, Matsukura Shigemasa, que aumentaram drasticamente os impostos para construir o novo Castelo de Shimabara e proibiram violentamente o Cristianismo. Em dezembro de 1637, uma aliança de rōnin locais e principalmente de camponeses católicos liderada por Amakusa Shirō se rebelou contra o xogunato Tokugawa devido ao descontentamento com as políticas de Katsuie. O Xogunato Tokugawa enviou uma força de mais de 125.000 soldados apoiados pelos holandeses para suprimir os rebeldes e derrotou-os após um longo cerco contra sua fortaleza no Castelo Hara em Minamishimabara.
Após a supressão bem-sucedida da rebelião, Shirō e cerca de 37.000 rebeldes e simpatizantes foram executados por decapitação, e os comerciantes portugueses suspeitos de ajudá-los foram expulsos do Japão. Katsuie foi investigado por má administração e acabou decapitado em Edo, tornando-se o único daimyō a ser executado durante o período Edo. O Domínio Shimabara foi dado a Kōriki Tadafusa. As políticas japonesas de reclusão nacional e perseguição ao cristianismo foram reforçadas até o Bakumatsu na década de 1850.
A Rebelião Shimabara é frequentemente retratada como uma rebelião cristã contra a repressão violenta de Matsukura Katsuie. No entanto, o principal entendimento acadêmico é que a rebelião foi principalmente contra o mau governo de Matsukura por parte dos camponeses, com os cristãos posteriormente aderindo à rebelião. A Rebelião Shimabara foi o maior conflito civil no Japão durante o período Edo, e foi um dos poucos casos de agitação grave durante o período relativamente pacífico do governo do xogunato Tokugawa.