
A Segunda expedição Chōshū foi anunciada em 6 de março de 1865. A operação começou em 7 de junho de 1866 com o bombardeio de Suō-Ōshima na província de Yamaguchi pela Marinha do Bakufu. A expedição terminou em desastre militar para as tropas do xogunato, à medida que as forças de Chōshū foram modernizadas e organizadas de forma eficaz. Em contraste, o exército do xogunato era composto por forças feudais antiquadas de Bakufu e de numerosos domínios vizinhos, com apenas pequenos elementos de unidades modernizadas. Muitos domínios fizeram apenas esforços tímidos, e vários recusaram abertamente as ordens do xogunato para atacar, notadamente Satsuma, que a essa altura havia entrado em uma aliança com Chōshū.
Tokugawa Yoshinobu, o novo shōgun, conseguiu negociar um cessar-fogo após a morte do shōgun anterior, mas a derrota enfraqueceu fatalmente o prestígio do shogunato. A destreza militar de Tokugawa revelou-se um tigre de papel, e tornou-se evidente que o xogunato não poderia mais impor sua vontade sobre os domínios. A desastrosa campanha costuma ter selado o destino do xogunato Tokugawa.
A derrota estimulou o Bakufu a fazer inúmeras reformas para modernizar a sua administração e o seu exército. O irmão mais novo de Yoshinobu, Ashitake, foi enviado para a Exposição de Paris de 1867, as vestimentas ocidentais substituíram as vestimentas japonesas na corte do shogunal e a colaboração com os franceses foi reforçada, levando à missão militar francesa de 1867 no Japão.