O sistema do Selo Vermelho aparece pelo menos desde 1592, sob Toyotomi Hideyoshi, data da primeira menção conhecida do sistema em um documento. O primeiro Shuinjō (Permissão de Selo Vermelho) realmente preservado é datado de 1604, sob Tokugawa Ieyasu, primeiro governante do Japão Tokugawa. Tokugawa emitiu licenças com selo vermelho para seus senhores feudais favoritos e principais comerciantes interessados no comércio exterior. Ao fazer isso, ele conseguiu controlar os comerciantes japoneses e reduzir a pirataria japonesa no Mar do Sul. Seu selo também garantia a proteção dos navios, já que jurava perseguir qualquer pirata ou nação que o violasse.
Comércio japonês no início do século XVII. © Phgcom
Além dos comerciantes japoneses, sabe-se que 12 residentes europeus e 11 chineses, incluindo William Adams e Jan Joosten, receberam licenças. Em determinado momento depois de 1621, registra-se que Jan Joosten possuía 10 navios Red Seal para comércio.
Os navios portugueses ,espanhóis , holandeses , ingleses e os governantes asiáticos protegiam basicamente os navios japoneses da foca vermelha, uma vez que mantinham relações diplomáticas com o xogum japonês. Apenas a China Ming nada teve a ver com esta prática, porque o Império proibiu oficialmente a entrada de navios japoneses nos portos chineses. (Mas as autoridades Ming não conseguiram impedir os contrabandistas chineses de navegar para o Japão.)
Em 1635, o Xogunato Tokugawa proibiu oficialmente seus cidadãos de viajar para o exterior (semelhante ao Acordo de Cavalheiros de 1907, muito posterior), encerrando assim o período de comércio de focas vermelhas. Esta ação fez com que a Companhia Holandesa das Índias Orientais se tornasse a única parte oficialmente sancionada para o comércio europeu, tendo Batávia como sede asiática.