
No final do século XVIII e início do XIX, o xogunato mostrou sinais de enfraquecimento. O dramático crescimento da agricultura que caracterizou o início do período Edo havia terminado, e o governo administrou mal a devastadora fome de Tenpō. A agitação camponesa cresceu e as receitas do governo caíram. O shogunato cortou o salário dos samurais já em dificuldades financeiras, muitos dos quais trabalhavam em empregos paralelos para ganhar a vida. Samurais descontentes logo desempenhariam um papel importante na engenharia da queda do xogunato Tokugawa.
A chegada em 1853 de uma frota de navios americanos comandada pelo Comodoro Matthew C. Perry lançou o Japão em turbulência. O governo dos EUA pretendia acabar com as políticas isolacionistas do Japão. O xogunato não tinha defesa contra as canhoneiras de Perry e teve de concordar com suas exigências de que os navios americanos tivessem permissão para adquirir provisões e comercializar nos portos japoneses. As potências ocidentais impuseram ao Japão o que ficou conhecido como "tratados desiguais" que estipulavam que o Japão deveria permitir que cidadãos desses países visitassem ou residissem em território japonês e não devesse cobrar tarifas sobre as suas importações ou julgá-los em tribunais japoneses.
O fracasso do xogunato em se opor às potências ocidentais irritou muitos japoneses, especialmente aqueles dos domínios do sul de Chōshū e Satsuma. Muitos samurais de lá, inspirados pelas doutrinas nacionalistas da escola kokugaku, adotaram o slogan sonnō jōi ("reverenciar o imperador, expulsar os bárbaros"). Os dois domínios formaram uma aliança. Em agosto de 1866, logo após se tornar xogum, Tokugawa Yoshinobu, lutou para manter o poder enquanto a agitação civil continuava. Os domínios Chōshū e Satsuma em 1868 convenceram o jovem imperador Meiji e seus conselheiros a emitir um rescrito pedindo o fim do xogunato Tokugawa. Os exércitos de Chōshū e Satsuma logo marcharam sobre Edo e a Guerra Boshin que se seguiu levou à queda do xogunato.
Bakumatsu foi o ano final do período Edo, quando o xogunato Tokugawa terminou. A principal divisão político-ideológica durante este período foi entre os nacionalistas pró-imperiais chamados ishin shishi e as forças do xogunato, que incluíam os espadachins de elite shinsengumi. O ponto de viragem do Bakumatsu foi durante a Guerra Boshin e a Batalha de Toba-Fushimi, quando as forças pró-xogunato foram derrotadas.