Seltsjoeken verslaan Qarakhanids

In 1040 versloegen de Seltsjoekse Turken de Ghaznavids in de Slag bij Dandanaqan en trokken Iran binnen. Er brak een conflict uit met de Karakhaniden, maar de Karakhaniden waren aanvankelijk in staat om aanvallen van de Seltsjoeken te weerstaan ​​en namen zelfs kort de controle over Seltsjoekse steden in Groot-Khorasan over. De Karakhaniden ontwikkelden echter ernstige conflicten met de religieuze klassen (de ulama), en de ulama van Transoxiana verzochten toen om tussenkomst van de Seltsjoeken. In 1089, tijdens het bewind van Ibrahims kleinzoon Ahmad b. Khidr, de Seltsjoeken kwamen binnen en namen de controle over Samarkand over, samen met de domeinen die tot de Westelijke Khanate behoorden. De Westelijke Karachaniden Khanate werd een halve eeuw lang een vazal van de Seltsjoeken, en de heersers van de Westelijke Khanate waren grotendeels degene die de Seltsjoeken verkozen om op de troon te plaatsen. Ahmad b. Khidr werd door de Seltsjoeken weer aan de macht gebracht, maar in 1095 beschuldigde de ulama Ahmad van ketterij en slaagde erin zijn executie veilig te stellen. De Karakhaniden van Kashgar verklaarden ook hun onderwerping na een Seltsjoekse campagne in Talas en Zhetysu, maar de Oost-Khanate was slechts korte tijd een Seltsjoekse vazal. Aan het begin van de 12e eeuw vielen ze Transoxiana binnen en bezetten kort de Seltsjoekse stad Termez