Na de Slag om Monterey bezetten de Amerikanen Noord-Californië, maar generaal José María Castro en gouverneur Pío Pico planden verzet in het zuiden rond Los Angeles. Commodore Robert F. Stockton arriveerde op 15 juli aan boord van het Congres in Monterey Bay en nam het commando over van John D. Sloat. Stockton accepteerde de Bear Flag-revolutionairen, onder bevel van majoor John C. Frémont, als het California Battalion. Stockton legde vervolgens Sonoma, San Juan Bautista, Santa Clara en Sutter's Fort in garnizoen. Stockton's plan om met Castro om te gaan was om commandant Samuel Francis Du Pont de mannen van Fremont in de Cyane naar San Diego te laten vervoeren om elke beweging naar het zuiden te blokkeren, terwijl Stockton een troepenmacht bij San Pedro zou landen die over land tegen Castro zou optrekken. Fremont arriveerde op 29 juli in San Diego en bereikte San Pedro op 6 augustus aan boord van het congres.
Op 13 augustus 1846 leidde Stockton zijn colonne de stad in, een half uur later gevolgd door Fremonts strijdmacht. Op 14 augustus gaven de overblijfselen van het Californische leger zich over. Op 23 september wisselden twintig mannen onder bevel van Cerbulo Varela schoten uit met de Amerikanen bij Government House, dat Los Angeles in vuur en vlam zette. Op 24 september werden 150 Californios georganiseerd onder leiding van José María Flores, een Mexicaanse officier die in Californië bleef, in Castro's oude kamp in La Mesa. Gillespie's troepen werden effectief belegerd, terwijl Gillespie Juan "Flaco" Brown naar Commodore Stockton stuurde voor hulp. De mannen van Gillespie trokken zich op 28 september terug in Fort Hill, maar zonder water gaven ze zich de volgende dag over. De voorwaarden riepen de mannen van Gillespie op om Los Angeles te verlaten, wat ze op 30 september 1846 deden, en aan boord te gaan van het Amerikaanse koopvaardijschip Vandalia. Flores ruimde snel de resterende Amerikaanse troepen in Zuid-Californië op.