In 1095 startte paus Urbanus II de Eerste Kruistocht om Jeruzalem te heroveren op de islamitische heerschappij. [141] Deze kruistocht, die in hetzelfde jaar begon, leidde tot de succesvolle belegering van Jeruzalem in 1099 en de verovering van andere belangrijke locaties zoals Beit She'an en Tiberias. De kruisvaarders veroverden ook verschillende kuststeden met de hulp van Italiaanse vloten, waardoor cruciale bolwerken in de regio werden gevestigd. [142]
De Eerste Kruistocht resulteerde in de vorming van kruisvaardersstaten in de Levant, waarvan het koninkrijk Jeruzalem het meest prominent was. Deze staten werden voornamelijk bevolkt door moslims, christenen, joden en Samaritanen, waarbij de kruisvaarders als minderheid voor de landbouw afhankelijk waren van de lokale bevolking. Ondanks de bouw van vele kastelen en forten slaagden de kruisvaarders er niet in permanente Europese nederzettingen te vestigen. [142]
Het conflict escaleerde rond 1180 toen Raynald van Châtillon, heerser van Transjordanië, de Ayyubid Sultan Saladin provoceerde. Dit leidde tot de nederlaag van de kruisvaarders bij de Slag om Hattin in 1187, en Saladins daaropvolgende vreedzame verovering van Jeruzalem en het grootste deel van het voormalige koninkrijk Jeruzalem.
De Derde Kruistocht in 1190, een reactie op het verlies van Jeruzalem, eindigde met het Verdrag van Jaffa uit 1192. Richard Leeuwenhart en Saladin kwamen overeen om christenen toe te staan pelgrimstochten naar heilige plaatsen te maken, terwijl Jeruzalem onder islamitische controle bleef. [143] In 1229, tijdens de Zesde Kruistocht, werd Jeruzalem vreedzaam overgedragen aan christelijke controle via een verdrag tussen Frederik II en Ayyubid sultan al-Kamil. [144] In 1244 werd Jeruzalem echter verwoest door de Khwarezmische Tataren, die de christelijke en joodse bevolking van de stad aanzienlijk schade toebrachten. [145] De Khwarezmiërs werden in 1247 door de Ayyubiden verdreven.