
In de winter van 1226–1227 viel Genghis Khan tijdens de jacht van zijn paard en werd steeds zieker. Zijn ziekte vertraagde de voortgang van een belegering tegen Xia. Ondanks het advies om naar huis terug te keren en te herstellen, stond hij erop door te gaan. Genghis stierf op 25 augustus 1227, maar zijn dood werd geheim gehouden. De stad Xia, zich niet bewust van zijn dood, viel de volgende maand. De bevolking leed aan ernstige wreedheden, wat leidde tot het bijna uitsterven van de Xia-beschaving. Er wordt gespeculeerd over hoe Genghis stierf. Sommige bronnen suggereren ziektes als malaria of de builenpest, terwijl anderen beweren dat hij door een pijl is neergeschoten of door de bliksem is getroffen.
Na zijn dood werd Genghis begraven nabij de Burkhan Khaldun-piek in het Khentii-gebergte, een plek die hij eerder had uitgekozen. Details van zijn begrafenis werden privé gehouden. Toen zijn zoon Ogedei in 1229 khan werd, werd het graf geëerd met offers en het offeren van dertig meisjes. Sommige theorieën suggereren dat hij mogelijk in de Ordos-regio is begraven om ontbinding te voorkomen.