
Toen zijn oudere broer, keizer Baldwin, in april 1205 door de Bulgaren werd gevangengenomen tijdens de Slag bij Adrianopel, werd Henry gekozen tot regent van het rijk en volgde hij de troon op toen het nieuws van Baldwins dood arriveerde. Hij werd gekroond op 20 augustus 1206.
Na Henry's hemelvaart als Latijnse keizer weigerden de Lombardische edelen van het koninkrijk Thessaloniki hem trouw te betuigen. Er volgde een oorlog van twee jaar en na het verslaan van de door de Tempeliers gesteunde Lombarden, nam Henry de Tempelierskastelen van Ravennika en Zetouni (Lamia) in beslag.
Hendrik was een wijze heerser, wiens regering grotendeels werd doorgegeven in succesvolle strijd met tsaar Kaloyan van Bulgarije en met zijn rivaal keizer Theodore I Lascaris van Nicea. Later vocht hij tegen Boril van Bulgarije (1207–1218) en slaagde erin hem te verslaan in de Slag om Philippopolis. Henry voerde campagne tegen het Niceaanse rijk en breidde een kleine holding in Klein-Azië (in Pegai) uit met campagnes in 1207 (in Nicomedia) en in 1211-1212 (met de Slag om de Rhyndacus), waar hij belangrijke Niceaanse bezittingen veroverde in Nymphaion. Hoewel Theodore I Laskaris zich niet kon verzetten tegen deze latere campagne, lijkt het erop dat Henry besloot dat hij zich het beste op zijn Europese problemen kon concentreren, want hij zocht in 1214 een wapenstilstand met Theodore I en verdeelde in der minne het Latijn van de Niceaanse bezittingen ten gunste van Nicea.