1999 मा, पाकिस्तानले जनरल परवेज मुशर्रफको नेतृत्वमा र संयुक्त कर्मचारी मुख्यालयमा सैन्य कर्मचारीको नेतृत्वमा रक्तहीन सैन्य विद्रोहको अनुभव गर्यो।अक्टोबर १२ मा, उनीहरूले प्रधानमन्त्री नवाज शरीफको नागरिक सरकारबाट नियन्त्रण लिए।त्यसको दुई दिनपछि मुसर्रफले मुख्य कार्यकारीको रूपमा पाकिस्तानको संविधान विवादास्पद रूपमा निलम्बन गरे।शरीफको प्रशासन र सेना, विशेष गरी जनरल मुशर्रफसँगको तनाव बढाएर यो कु।मुशर्रफको ठाउँमा लेफ्टिनेन्ट जनरल जियाउद्दीन बटलाई सेना प्रमुख बनाउने सरिफको प्रयासलाई वरिष्ठ सैन्य अधिकारीहरूले प्रतिरोध गरे र बटलाई हिरासतमा लियो।विद्रोहको कार्यान्वयन तीव्र थियो।१७ घण्टा भित्र सैन्य कमाण्डरहरूले प्रमुख सरकारी संस्थानहरू कब्जा गरेका थिए र शरीफ र उनका भाइ सहित उनको प्रशासनलाई घरमै नजरबन्दमा राखेका थिए।सेनाले महत्वपूर्ण सञ्चार पूर्वाधारको नियन्त्रण पनि लियो।प्रधानन्यायाधीश इरशाद हसन खानको नेतृत्वमा पाकिस्तानको सर्वोच्च अदालतले मार्शल ललाई "आवश्यकताको सिद्धान्त" अन्तर्गत मान्य गर्यो तर यसको अवधि तीन वर्षमा सीमित गर्यो।मुशर्रफ बोकेको विमानमा सवार जीवनलाई खतरामा पारेको आरोपमा शरीफलाई मुद्दा चलाइएको थियो र दोषी ठहराइएको थियो, यो निर्णयले विवाद चर्काएको थियो।डिसेम्बर 2000 मा, मुशर्रफले अप्रत्याशित रूपमा शरीफलाई माफी दिए, जो त्यसपछि साउदी अरब गए।सन् २००१ मा राष्ट्रपति रफिक तरारलाई राजीनामा दिन बाध्य पारेर मुशर्रफ राष्ट्रपति बने ।अप्रिल 2002 मा भएको राष्ट्रिय जनमत संग्रह, धेरैले धोखाधडीको रूपमा आलोचना गरे, मुशर्रफको शासन विस्तार भयो।2002 को आम चुनावले प्रजातन्त्रमा फर्केको देख्यो, मुशर्रफको पीएमएल (क्यू) ले अल्पसंख्यक सरकार गठन गर्यो।