1511 मा, मलाक्का पोर्चुगिजको हातमा पर्यो र सुल्तान महमुद शाह मलाक्का छोड्न बाध्य भए।सुल्तानले राजधानी फिर्ता लिन धेरै प्रयास गरे तर उनको प्रयास असफल भयो।पोर्चुगिजहरूले प्रतिकार गरे र सुल्तानलाई पहांग भाग्न बाध्य पारे।पछि, सुल्तान बिन्तान गए र त्यहाँ नयाँ राजधानी स्थापना गरे।एक आधार स्थापना संग, सुल्तानले अव्यवस्थित मलाय सेनाहरु लाई रैली गरे र पोर्चुगाली स्थिति को बिरूद्ध धेरै आक्रमण र नाकाबन्दी संगठित गरे।पेकान तुआ, सुनगाई तेलुर, जोहोरमा आधारित, जोहर सल्तनतको स्थापना राजा अली इब्नी सुल्तान महमुद मेलका, सुल्तान अलाउद्दीन रियात शाह द्वितीय (१५२८–१५६४) द्वारा सन् १५२८ मा भएको थियो। ^[५३] यद्यपि सुल्तान अलाउद्दीन रियात शाह र उनका उत्तराधिकारी मलाक्कामा पोर्चुगिज र सुमात्रामा अचेनीजद्वारा आक्रमणको सामना गर्नुपर्‍यो, तिनीहरूले जोहर सल्तनतमा आफ्नो पकड कायम राख्न सफल भए।मलाक्कामा बारम्बार आक्रमणहरूले पोर्तुगालीहरूलाई गम्भीर कठिनाइको कारण बनायो र यसले पोर्चुगलहरूलाई निर्वासित सुल्तानको सेनालाई नष्ट गर्न मनाउन मद्दत गर्‍यो।मलयलाई दबाउन धेरै प्रयासहरू गरियो तर यो 1526 सम्म पुगेन कि पोर्चुगिजहरूले अन्ततः बिन्टानलाई जमिनमा धकेले।त्यसपछि सुल्तान सुमात्राको काम्पारमा फर्किए र दुई वर्षपछि उनको मृत्यु भयो।उनले मुजफ्फर शाह र अलाउद्दीन रियात शाह द्वितीय नामका दुई छोराहरू छोडे।^[५३] मुजफ्फर शाह पेराक स्थापना गर्न जारी रहे जबकि अलाउद्दीन रियात शाह जोहरको पहिलो सुल्तान बने।^[५३]