इन्डोनेसिया–मलेसिया टकराव, जसलाई कन्फ्रन्टसी पनि भनिन्छ, सन् १९६३ देखि १९६६ सम्मको सशस्त्र द्वन्द्व थियो जुन इन्डोनेसियाको मलेशियाको गठनको विरोधबाट उत्पन्न भएको थियो, जसले मलाया, सिंगापुर , र उत्तरी बोर्नियो र सारावाकका ब्रिटिश उपनिवेशहरू मिलेर बनाएको थियो।यो द्वन्द्व डच न्यू गिनी विरुद्ध इन्डोनेसियाको अघिल्लो टकराव र ब्रुनाई विद्रोहको लागि समर्थनमा जडित थियो।मलेसियाले बेलायत , अष्ट्रेलिया र न्युजिल्यान्डबाट सैन्य सहायता प्राप्त गर्दा, इन्डोनेसियाले सोभियत संघ र चीनबाट अप्रत्यक्ष समर्थन पाएको थियो, जसले यसलाई एशियामा शीतयुद्धको अध्याय बनायो।द्वन्द्वको ठूलो हिस्सा इन्डोनेसिया र पूर्वी मलेसियाको सीमामा बोर्नियोमा भएको थियो।घना जङ्गल भूभागले दुबै पक्षलाई व्यापक खुट्टा गस्ती सञ्चालन गर्न नेतृत्व गर्यो, लडाईमा सामान्यतया साना-सानो कार्यहरू समावेश हुन्छन्।इन्डोनेसियाले मलेसियालाई कमजोर बनाउन सबा र सारावाकमा रहेको जातीय र धार्मिक विविधताको फाइदा उठाउन खोज्यो।दुबै राष्ट्रहरू हल्का पैदल सेना र हवाई यातायातमा धेरै निर्भर थिए, नदीहरू आन्दोलन र घुसपैठका लागि महत्त्वपूर्ण थिए।बेलायतीहरूले अष्ट्रेलिया र न्यूजील्याण्ड सेनाहरूको आवधिक सहयोगको साथ, रक्षाको खाँचो बोके।इन्डोनेसियाको घुसपैठ रणनीतिहरू समयसँगै विकसित हुँदै गयो, स्थानीय स्वयंसेवकहरूमा भर परेर थप संरचित इन्डोनेसियाली सैन्य एकाइहरूमा सर्दै।1964 सम्म, ब्रिटिशहरूले इन्डोनेसियाली कालिमान्टनमा अपरेशन क्लारेट भनिने गोप्य कार्यहरू सुरु गरे।सोही वर्ष, इन्डोनेसियाले पश्चिम मलेसियालाई लक्षित गरेर पनि आफ्नो आक्रमणलाई तीव्र पार्यो, तर उल्लेखनीय सफलता प्राप्त भएन।द्वन्द्वको तीव्रता इन्डोनेसियाको 1965 को विद्रोह पछि घट्यो, जसले सुकर्णोलाई जनरल सुहार्तोले प्रतिस्थापित गरेको देख्यो।शान्ति वार्ता 1966 मा सुरु भयो, 11 अगस्त 1966 मा एक शान्ति सम्झौता मा परिणत भयो, जहाँ इन्डोनेसियाले औपचारिक रूपमा मलेशियालाई स्वीकार गर्यो।