मलाक्कन राजवंशका अन्तिम सुल्तान, सुल्तान महमुद शाह द्वितीय, उनको अनियमित व्यवहारका लागि परिचित थिए, जुन बेन्दहारा हबीबको मृत्यु र बेन्दहारा अब्दुल जलीलको नियुक्ति पछि ठूलो मात्रामा अनचेक भयो।यो व्यवहार सुल्तानले मामूली उल्लङ्घनको लागि एक महान गर्भवती पत्नीलाई मृत्युदण्डको आदेश दिए।बदलाको रूपमा, 1699 मा राजगद्दी खाली छोडेर, सुल्तानलाई पीडादायी नोबलद्वारा मारिएको थियो। सुल्तानका सल्लाहकारहरू, ओराङ कायस, सा अकर दिराजा, मुआरका राजा टेमेन्गोङ, जसले बेन्दहारा अब्दुल जलीललाई सिंहासनको उत्तराधिकारी बनाउन सुझाव दिए।यद्यपि, उत्तराधिकार केही असन्तुष्टिको साथ भेटियो, विशेष गरी ओराङ लाउटबाट।अस्थिरताको यस अवधिमा, जोहोरका दुई प्रभावशाली समूह - बुगिस र मिनाङ्काबाउ -ले सत्ता चलाउने मौका देखे।मिनाङ्काबाउले राजा केसिललाई परिचय गराए, जो सुल्तान महमुद द्वितीयको मरणोपरान्त छोरा भएको दाबी गर्ने राजकुमार थिए।धन र शक्तिको प्रतिज्ञाको साथ, बुगिसहरूले सुरुमा राजा केसिललाई समर्थन गरे।यद्यपि, राजा केसिलले उनीहरूलाई धोका दिए र उनीहरूको सहमति बिना जोहोरको सुल्तानलाई ताज लगाए, जसले गर्दा अघिल्लो सुल्तान अब्दुल जलील चतुर्थ भागेर अन्ततः हत्या भयो।बदला लिने क्रममा, बुगिसहरूले सुल्तान अब्दुल जलील चतुर्थका छोरा राजा सुलेमानसँग सेनामा सामेल भए, जसले 1722 मा राजा केसिललाई गद्दीबाट हटायो। राजा सुलेमान सुल्तानको रूपमा आरोहण गर्दा, उनी बुगिसहरूबाट धेरै प्रभावित भए, जसले वास्तवमा जोहरलाई शासन गरे।18 औं शताब्दीको मध्यमा सुल्तान सुलेमान बद्रुल आलम शाहको शासनकालमा, बुगिसहरूले जोहरको प्रशासनमा महत्त्वपूर्ण नियन्त्रण प्रयोग गरे।तिनीहरूको प्रभाव यति ठूलो भयो कि 1760 सम्म, विभिन्न बुगिस परिवारहरूले आफ्नो प्रभुत्वलाई थप सुदृढ गर्दै जोहर शाही वंशमा अन्तरविवाह गरेका थिए।तिनीहरूको नेतृत्वमा, जोहरले चिनियाँ व्यापारीहरूको एकीकरणबाट बलियो आर्थिक वृद्धिको अनुभव गरे।यद्यपि, 18 औं शताब्दीको अन्तसम्ममा, टेमेन्गोङ गुटका इङ्गकाउ मुडाले शक्ति पुन: दावी गर्न थाले, टेमेन्गोङ अब्दुल रहमान र तिनका सन्तानहरूको मार्गदर्शनमा सल्तनतको भविष्यको समृद्धिको जग बसाल्यो।