बोर्नियो को उत्तरी तट मा स्थित ब्रुनाई को सल्तनत, 15 औं शताब्दी मा एक महत्वपूर्ण मलाय सल्तनत को रूप मा उभिए।यसले मलाक्का ^[५८] को पतन पछि पोर्चुगिजहरूलाई आफ्नो इलाका विस्तार गर्यो, एक बिन्दुमा फिलिपिन्स र तटीय बोर्नियोका केही भागहरूमा यसको प्रभाव फैलियो।ब्रुनाईको प्रारम्भिक शासक एक मुस्लिम थिए, र सल्तनतको वृद्धि यसको रणनीतिक व्यापारिक स्थान र समुद्री क्षमतालाई श्रेय दिइएको थियो।तथापि, ब्रुनाईले क्षेत्रीय शक्तिहरूबाट चुनौतीहरूको सामना गर्यो र आन्तरिक उत्तराधिकार विवादको सामना गर्यो।प्रारम्भिक ब्रुनाईका ऐतिहासिक अभिलेखहरू विरलै छन्, र यसको प्रारम्भिक इतिहासको धेरैजसो चिनियाँ स्रोतहरूबाट व्युत्पन्न गरिएको छ।चिनियाँ इतिहासले ब्रुनाईको व्यापार र क्षेत्रीय प्रभावलाई उल्लेख गरेको छ, जाभानीज मजपाहित साम्राज्यसँगको सम्बन्धलाई उल्लेख गर्दै।14 औं शताब्दीमा, ब्रुनाईले जाभानीज शासनको अनुभव गर्यो, तर माजापाहितको पतन पछि, ब्रुनाईले आफ्नो क्षेत्रहरू विस्तार गर्यो।यसले उत्तरपश्चिम बोर्नियो, मिन्डानाओका केही भागहरू र सुलु द्वीपसमूहका क्षेत्रहरूलाई नियन्त्रण गर्यो।16 औं शताब्दी सम्म, ब्रुनाईको साम्राज्य एक शक्तिशाली इकाई थियो, राजधानी शहर सुदृढ भएको र यसको प्रभाव नजिकैको मलाय सल्तनतहरूमा महसुस भयो।यसको प्रारम्भिक प्रमुखताको बावजूद, ब्रुनाईले 17 औं शताब्दीमा ^[५९] आन्तरिक शाही संघर्ष, युरोपेली औपनिवेशिक विस्तार, र सुलुको छिमेकी सल्तनतबाट चुनौतीहरूका कारण पतन गर्न थाल्यो।19 औं शताब्दीमा, ब्रुनाईले पश्चिमी शक्तिहरूबाट महत्त्वपूर्ण क्षेत्रहरू गुमाएको थियो र आन्तरिक खतराहरूको सामना गर्यो।आफ्नो सार्वभौमिकताको रक्षा गर्न, सुल्तान हाशिम जलिलुल आलम अकामाद्दिनले ब्रिटिश सुरक्षाको खोजी गरे, जसको परिणामस्वरूप ब्रुनेई 1888 मा ब्रिटिश संरक्षक बन्यो। यो संरक्षक स्थिति 1984 सम्म जारी रह्यो जब ब्रुनेईले आफ्नो स्वतन्त्रता प्राप्त गर्यो।